Фолдинг есть, но на уровне третичной структуры белка. На уровне вторичной структуры его нет. Программная аллотропия белков опровергает гипотезу фолдинга

Технология трансляции генетического кода в структуру белка

Высоко периодичные структуры белков

Письмо, которое нужно разослать по лабораториям РСА 

В лаборатории Наномир создана новая технология определения структуры белковых молекул, которая работает примерно в миллиард раз быстрее РСА. Наша задача в кратчайшие сроки проверить новую технологию, т.к. от её внедрения человечество может получить фантастический эффект.

Проще всего проверить новую технологию на простых структурах типа поливалина:

https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/ … 5_orig.png

ETC64880: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/564568708
OXS06857: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1226034760
KOF67455: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/918287724
OUM69688: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1198313040
PIS11988: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1277217132
KOF75295: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/918302080
OLP77457: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129165616
KYM86846: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1009361734?&fmt_mask=65536 
OTF86159: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM007906.1?report=fasta&sat=37&satkey=307832265&itemID=1362
KKF17324: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/808866584?&fmt_mask=65536 
XP_002382247: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/238502026
OLP98873: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129194414
CDW76368: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/678335661
AHB99005: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/564747871?&fmt_mask=65536 
OAQ27448: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1032646064
OUM69730: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1198313040
OGL53990: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1084158629
EIE92391: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/76151980
XP_001590524: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/156049114
OTG33229: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM007891.1?from=7600734&to=7601591&sat=37&sat_key=307832447 
OLQ06943: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129204435
XP_001895277: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/170580473
XP_001584576: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/156030497
KOF84884: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/918315370

Возможно ли методом РСА определить структуру этих участков белковых молекул? Если да, то нужен прайс.

С уважением, Руководитель лаборатории Наномир, Александр Кушелев

2017.12.14   13:23:02

Кушелев Александр Юрьевич: Мы с Викторией соколик стали обсуждать фолдинг, и тут выяснилось, что она перепутала углы поворота транспортной РНК и белковой спирали 
Отсюда и странные углы спиралей...

2017.12.08 11:31:07

Victoriy пишет:

активное втюхивание того, что может сделать программа Кушелева (2D-схему белка), вместо того, что хотят видеть заказчики 3D-модель белка, не приведёт к желаемому результату.

Кушелев: Тут есть ряд нюансов. Во-первых, нужно объяснить всем, кто хочет видеть 3D-модели белков, что рентгеноструктурный анализ (РСА) в действительности не может достоверно показать даже вторичную структуру белка. Что касается третичной и четвертичной, то РСА показывает их условно, т.е. взаимное расположение неких крупных ассоциаций, например, спиральных участков. При этом РСА часто не может отличить разные типы спиралей, например, пи-спираль от альфа-спирали, альфа-спираль от 310-спирали. А большинство спиральных участков гибридные, т.е. представлены чередованием композиций альфа- и 310-спиралей. С помощью РСА об этом не удалось узнать за многие десятилетия исследований. Поэтому доверие к интерпретации данных РСА держится на недостатке знаний в этой области, т.е. грубо говоря на невежестве профессионалов по молекулярной биологии 

Во-вторых, программа Пикотех 3D позволяет показать и проконтролировать достоверность 3D моделей для некоторых участков белковых молекул. Например, для циклов, замкнутых через дисульфидные мостики. Речь идёт о циклах лизоцимов, где методом структурного анализа надежно установлены факты замыкания циклов через дисульфидные мостики:

http://nanoworld88.narod.ru/data/285.htm
http://nanoworld88.narod.ru/data/586.htm
Цитата: В общей сложности построены модели 6 замкнутых через дисульфидные мостики участков.
1. Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
2. Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
3. Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
4.  Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
5.  Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме
6.  Met 1 - Cys 24  в лизоциме куриного яйца

Другой пример - длинные фундаментальные (альфа-, 310-, пи-) и программные спирали:

Кушелев: Если Вы признаёте существование программных спиралей, то
1. Во-первых, почему они не изображаются у Вас на уровне 2D-структуры?
2. О каком фолдинге может идти речь, если 3D модель программных спиралей строится по таблице композиционного кода?

Victoriy пишет:

Специфика 3/10, пи- и альфа-спиралей формируется уже в ходе процесса фолдинга на основе простейшего структурного шаблона 3/10 спирали.

Кушелев: А тут подробнее, пожалуйста.

Вот вторичная структура двух полилизинов:

Вот, что показывает для пи-спирали алгоритм Кушелева и Соколик:

Ваш алгоритм 2D ничего не показывает. Откуда при 3D моделировании у Вас появляется пи-спираль? Каков конкретный алгоритм Вашей 3D программы, который строит пи-спираль по коду:

>XM_022674627.1 PREDICTED: Astyanax mexicanus protein FAM133-like (LOC111193520), partial mRNA
GTCCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Victoriy пишет:

декодированные спиральные структуры белка не обязательно сохраняются в полном объёме в его функциональной конформации после фолдинга: нередко они полностью трансформируются в бета-тяжи и петлевые структуры/повороты.  Пересмотрите примеры в монографии "Пикотехнология белков", там много таких белков.

Кушелев: Вот мне и интересно, как эти два белка (пи-спиральный и альфа-спиральный) моделируются в Вашей программе. Можно пошагово показать, как по коду n(AAA) Ваша программа получает пи-спираль, а по коду n(AAG) - альфа-спираль. И ещё очень интересно посмотреть Вашу 3D модель программной 35-спирали, когда коды AAA и AAG чередуются. По моей таблице композиционного кода получается такая модель:

Пример программной 35-спирали (компактное 2D-представление)

Пример программной 35-спирали (развернутое 2D-представление)

Подробнее: https://subscribe.ru/archive/science.ne … 3210.html/
3D-модель белковой молекулы с программной 35-спиралью.

2017.12.08 11:48:10

Victoriy пишет:

программа "Молекулярный конструктор" Виктории Соколик способна выдавать как 2D-схему, так и 3D-модель структурного шаблона белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности.

Кушелев: Это очень здjрово. Но хотелось бы уточнить, как конкретно, т.е. по шагам, получается, например, 3D модель этого белка:

2D структуру алгоритм, реализованный в программе Prosolver не показывает, но и "не очень-то хотелось". Интересно посмотреть по шагам, как программа Молекулярный конструктор строит 3D-модель этого белка, т.е. пи-спираль. Ну и сравнить с постройкой альфа-спирали из тех же остатков лизина.

Сможете показать по шагам работу алгоритма?

2017.12.08 12:01:24

Victoriy пишет:

Единственно что необходимо для полноценного удовлетворения заказчика, это виртуально в соответствующих программах (типа молекулярная динамика - МД) оптимизировать полученную структуру шаблона белка с учетом ближнего физ-хим. окружения его молекулы, т.е. смоделировать его фолдинг как бы в природных условиях, но виртуально.

Кушелев: Гипотеза фолдинга опровергается программной аллотропией (композиционным кодированием) структуры белка:

Что касается программ оптимизации, то стандартные программы не учитывают кольцевую форму электрона, поэтому непригодны для оптимизации пикотехнологических моделей.

2017.12.08 12:13:15

Victoriy пишет:

... любая заказываемая модель белка необходима не просто так для красоты и любопытства, а для её дальнейшего изучения на предмет эффективности связывания (образования комплекса) с целевыми лигандами - виртуального докинга. Последний шаг и есть практическое внедрение в фармакологии, биотехнологии и др. областях.
Поэтому на этапах молекулярная динамика/докинг лаборатории Наномир понадобятся услуги опытного молекулярного биолога либо специального он-лайн сайта (такие принимали участие в CASP), а не кучи программистов, о которых говорит А.Ю. Либо же предлагать лабораториям структурный шаблон белка и оговаривать, что они должны над ним ещё сами поработать вышеописанным способом (обычно специалистов по МД и докингу в таких лабораториях достаточно).

Кушелев: Конечно, можно пытаться оптимизировать пикотехнологическую модель нанотехнологическими алгоритмами, но это неэффективно. Это примерно то же самое, что собирать айфон методом лепки из глины.

Для тех, кто не видит картинки, я буду подписывать: "Айфон, слепленный из пластилина".

Другое дело - создать программы оптимизации пикотехнологического уровня. Это безусловно сложнее, но и результат будет соответствующий:

Цикл лизоцима, замкнутый через дисульфидный мостик.

Нужно обратить внимание на то, что 3D модели некоторых участков белков получаются с пикотехнологической точностью даже без оптимизации, т.е. на уровне геометрического алгоритма. Согласитесь, что точность на уровне пикометров впечатляет по сравнению с тем, что РСА не может отличить пи-спираль от альфа-спирали.

2017.12.11 11:50:23

aest пишет:

А к чему вся эта дискуссия по альфа спиралям сейчас ?

Кушелев: А при том, что альфа-спираль является жесткой структурой. Ее можно повернуть на суставе Pro относительно другой спирали:

А Виктория предлагает менять вторичную структуру. А это равносильно "размягчению костей"

2017.12.11 12:24:23

Victoriy пишет:

Обратите Ваше пристальное внимание на то, что углы композиции между аминокислотными остатками задаются внутри рибосомы, а вот водородные связи, дополнительно фиксирующие их взаимное расположение уже на выходе из неё.

Кушелев: С чего бы это? Если аминокислота соединена с предыдущей, водородная связь образуется за миллисекунду:

Подробнее о протонной релаксации водородных связей: http://crm-en.ics.org.ru/uploads/kim3/crm09307.pdf

Victoriy пишет: В рибосоме водородные связи не образуются, только на выходе из неё за те же миллисекунды.

Кушелев: С чего Вы это взяли? В канале рибосомы умещаются даже все радикалы альфа-спирали. Это значит, что там та же среда, что и за пределами рибосомы. Те же молекулы воды, протоны, образующие водородные связи. Как только присоединена очередная аминокислота (0.2 ... 0.6 сек), так уже через миллисекунду образуется водородная связь, т.е. до установки следующей аминокислоты. Другого варианта нет.

Victoriy пишет: Вы уже заложили свою таблицу композиционного кода и углы для альфа-спирали и Вам проще отстаивать эту ошибку

Кушелев: Зачем отстаивать? Эксперимент показывает, что для замыкания дисульфидных мостиков фолдинг не нужен 

Цикл, собранный по геометрическому алгоритму замыкается и без него:

2017.12.09 20:14:49

Кушелев: Изменение нескольких углов может привести к тому, что цикл из 22 аминокислот не замкнется вообще, т.е. не с вероятностью 1/30 000 000 000, а с вероятностью строго равной нулю (=0).

Поэтому я и пишу, что замыкание 6 циклов из разных лизоцимов не может быть случайностью. Эти замыкания показывают, что таблица композиционного генетического кода и композиционные углы правильные. Не все, конечно, а только те, которые принимают участие в формировании этих циклов.

2017.12.11 12:37:24

Victoriy пишет:

статистический анализ приведенный в монографии "Пикотехнология белков", на основе которого сделана моя таблица композиционного кода, не показал специфику кодирования альфа- и 3/10 спиралей разными кодонами. Вашей статистики на этот счет нет, поэтому такое утверждение голословно, и ненаучно его отстаивать.

Кушелев: Если анализ не показал, то это не означает, что повторный анализ не покажет 

Мы с Вами знаем, что специалисты по рентгеноструктурному анализу редко отличают 310-спираль от альфа-спирали. Более того, за многие десятилетия существования РСА протяженные участки пи-спиралей вообще оказались незамеченными...

А они есть!

Так что в следующей книге "Пикотехнология белков-2" у Вас есть возможность продемонстрировать и 6 фрагментов лизоцимов, замкнутых через дисульфидные мостики без фолдинга, и сверхдлинные фундаментальные и программные спирали белковых молекул, структура которых определена по таблице композиционного кода, где Ваши данные для альфа- и пи-спиралей полностью совпадают с моими. Вы ещё хотели показать экспериментальные данные, с которыми совпадают Ваши альфа- и пи-спирали длиной более 63 витков:

Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/892397/ … 5_orig.png

А если этих экспериментальных данных еще нет, то что мешает их получить? В институте белка мне сообщили, что определить структуру с помощью РСА могут в Курчатовском институте. Давайте вместе предложим им определить две структуры полилизина, закодированные триплетами n(AAG) и n(AAA).

2017.12.09 20:50:04

Кушелев: На иллюстрации показано, что вторичная структура, построенная по алгоритму Виктории Соколик на 100% совпадает со вторичной структурой, полученной по композиционной таблице Кушелева. Это только в программе от Prosolver коду AAA ничего не соответствует, а по алгоритму Виктории Соколик код AAA соответствует левой спирали, т.е. пи-спирали. Вам осталось подправить углы пи-спирали, чтобы не пришлось получать "те же результаты другим способом" уже в 3D версии программы 

Если я не ошибаюсь, Вы предлагаете строить модель пи-спирали в два этапа. На первом построить неправильную левую спираль (3 АО на виток), т.е. с неправильными водородными связями, соединяющими n-ый АО с (n+3)-им, а на втором этапе переделать неправильную левую спираль в правильную пи-спираль, т.е. разорвать все водородные связи n ... (n+3), изменить все углы между аминокислотными остатками со 120 градусов до 87, после чего сделать заново все водородные связи, но уже не с третьим АО, а с пятым, т.е. n ... (n+5). Другими словами, неправильно построить, потом всё сломать и построить правильно. А почему нельзя сразу сделать правильно по Вашей же таблице композиционного кода, которая в этом месте на 100% совпадает с моей? Просто сразу взять правильные углы пи-спирали. 

                                                   
                 Альфа-спираль                Бета-спираль                  Пи-спираль                    310-спираль

Подробнее можно посмотреть в 287-ом выпуске рассылки: http://nanoworld88.narod.ru/data/287.htm

2017.12.10 14:04:17

Когда Виктория Соколик,  писала книгу "Пикотехнология белков", научных открытий, о которых сегодня идет речь, ещё не было. Поэтому эти иллюстрации не могли попасть в книгу из будущего:

Но буквально вчера выяснилось, что в программе от Prosolver вторичная структура показана не так, как должна быть показана согласно таблице композиционного кода от Виктории Соколик.

Там, где программа показывает отсутствие вторичной структуры, в действительности по таблице Виктории Соколик вторичная структура есть. Это структура левой спирали, т.е. пи-спирали:

Так что разногласий во вторичной структуре нет. Разногласие в величине угла, т.е. на уровне пространственной модели, т.е. 3D версии программы.

Виктория считает, что рисобома собирает левую спираль с углами по 120 градусов (три АО на виток), после чего некий "фолдинг" ломает эту структуру, т.е. разрывает водородные связи n ... (n+3), меняет все углы со 120 на 87 градусов и создаёт все водородные связи заново, т.е. уже n ... (n+5). А я считаю, что рибосома строит пи-спираль с первого раза. Без мистического фолдинга.

2017.12.11 12:45:51

aest пишет:

лизоцим не является жесткой фигурой, подобной треугольнику, там вполне возможно согласованно поизменять углы без разрыва дисульфидного мостика, подобно тому, как это можно сделать в параллелограмме

Кушелев: Только он замкнулся через дисульфидный мостик без изменения углов. А это значит, что фолдинга нет на уровне вторичной структуры. Кстати, Вы можете "поизменять углы" и выложить на форум результат своего колдовства. Интересно посмотреть, что за углы Вы будете менять, и удастся ли Вам поменять их согласованно?  

Ваши "просто слова" против модельного эксперимента ровным счётом ничего не значат 

Сначала измените согласованно углы, но не в параллелограмме, а в модели фрагмента лизоцима, а мы посмотрим, замкнётся ли он после этого или нет.

2017.12.11 13:08:24

Victoriy пишет:

Вы строите свою таблицу кодирования разновидностей спиралей опираясь на свои фантазии и отмахиваясь от результатов статистики.

Кушелев: Вообще-то я сразу показал, как я строил свою таблицу композиционного генетического кода

Я воспользовался данными РСА для наиболее изученных белков. При этом на пластмассовых моделях я получил параметры альфа-спирали, 310-спирали, пи-спирали и бета-спирали. Модельные эксперименты показали, что составленная таблица композиционного кода работает без ошибок. Позднее, когда сборка моделей белка была автоматизирована, обнаружился цикл лизоцима, замкнувшийся через дисульфидный мостик без фолдинга, т.е. строго по таблице композиционного кода.

Ещё позднее я нашел ещё 5 фрагментов разных лизоцимов, замнувшихся без фолдинга.

Более того, в процессе этого исследования я обнаружил замыкание дисульфидных мостиков не только между цистеинами, но и между цистеином и метионином, что явилось научным открытием, согласитесь. Вам известно, что дисульфидные мостики могут образовываться между цистеином и метионином?

Здесь программа от Prosolver показывает отсутствие вторичной структуры по композиционному коду пи-спирали, но мы уже выяснили, что таблицы композиционного кода по части пи-спирали совпадают, поэтому в действительности эти циклы лизоцима обязаны замкнуться и по алгоритму Виктории Соколик  

Кстати, эти модели совпадают и с экспериментальными данными, если не считать дисульфидных мостиков между цистеином и метионином. Но тут уж дело времени. Должны появлиться экспериментальные данные и по дисульфидным мостикам между метионином и цистеином. Рано или поздно экспериментаторы должны обнаружить эти мостики...

2017.12.11 13:34:23

Kushelev пишет:

Меняйте согласованно углы. Но не забывайте, что эти углы не лежат в одной плоскости

aest пишет: Возьмите металлическую цепь о тысячи звеньях, замкните. Бросьте комком на землю. Сколько там углов между звеньями согласованно изменились не лежа при этом в одной плоскости? Цепь не разомкнулась. Мистика...

Кушелев: Жаль, что Вы не отличаете механизм белковой молекулы от механизма цепи. В молекуле белка вращение происходит вокруг некоторых осей:

В учебнике молекулярной биологии есть такой термин: "вращение затоможено". Это определяется как раз структурой электронной оболочки молекулы. Так же, как рука может гнуться в локте не по любому направлению. Сустав - это не шарнир. 

2017.12.11 14:54:25

Victoriy пишет:

абсолютно не соответствующие реальному механизму трансляции белка.

А соответствует очередь протонов на образование водородных связей в альфа-спирали на выходе из канала рибосомы? 

Кушелев: Вы согласны, что в канале рибосомы присутствуют протоны? Если согласны, то что им мешает через миллисекунду после установки очередного аминокислотного остатка образовать водородную связь? Т.е. ещё до того, как тРНК отпустит аминокислотный остаток, который она держит 4-мя вандерваальсовыми связями:

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/216.htm

Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/247.htm

2017.12.11 19:36:34

Кушелев: Судя по этой схеме, Виктория отмеряет углы поворота tRNA вокруг оси белковых спиралей.

Увжаемая Виктория! А Вас не смутил угол 0 градусов? Или Вы его "смело заменили" на 180 градусов? 

Кстати, эту ошибку легко исправить.

Достаточно организовать "фолдинг" таблицы композиционных углов от Виктории Соколик, чтобы получилась таблица композиционных углов от Александра Кушелева.

Сами структуры белков фолдировать не нужно. Достаточно фолдировать  таблицу углов 

А я никак не мог понять, откуда Вы такие углы берете? Это можно назвать "антифолдинг" таблицы композиционных углов.  Осталось добавить "фолдинг" таблицы композиционных углов, "и всех делов" .

Получается, что Вы не показывали Prosolver иллюстрации, где показано, вокруг каких осей вращаются модели аминокислотных остатков?

Есть же описание алгоритма от Евгения Неделько, которое находится в открытом доступе с 1998 года.

В программе Неделько выводились только координаты центров атомов, а углы были взяты у Рамачандрана. Это уже в более поздней версии Дениса Савина программа скрипт стала выводить не только координаты центров атомов, но и кольцегранные оболочки. Помню Вы там ещё ошибку нашли. Правда, программа правильно заработала после исправления второй ошибки. Оказалось, что Денис Савин перепутал в одном месте координату в уравнениях. Потом мы с Валентином поменяли зеркальные отражения аминокислотных остатков на правильные и промасштабировали модели по экспериментальным данным.

Кстати, в программе Дениса Савина вращение тоже реализовано не вокруг одной оси, как было бы естественно, а последовательно вокруг трёх декартовых осей. Это уже связано с вычислительной средой. При этом сначала оказалось, что все спирали строятся правильно, а изломы спиралей неправильно. Выяснилось, что правильные углы между спиралями разных типов получаются при правильном задании начала отсчета углов. Другими словами, нужно поставить аминокислоту в правильную позицию, правильно сориентировать по всем трем осям, после чего получаются корректные модели белков. Но это только геометрический уровень.

2017.12.11 09:59:42

aest пишет:

Вы приводите в качестве примеров жесткие фигуры, у которых грани как раз треугольники. Но масса таких фигур ничтожна по сравнению с массой нежестких фигур. Так что основной, имеющий важность для науки вывод не опровергнут: фолдинг есть. А вы можете и дальше его не замечать, пусть он тут для других зияет

Кушелев: Вы очень настойчиво не хотите изучать азы философии. Кстати, Ваше заявление по поводу "массы таких фигур", применительно к белкам, тоже ошибочно. Подавляющее большинство белков содержат альфа-спиральные участки. На этих иллюстрациях они показаны красным цветом. Их можетбыть много, может быть мало.

Альфа-спиральные участки присутствуют в подавляющем большинстве белков. Их отсутствие является редким исключением. Так что Вам срочно нужна новая ошибка "для оправдания" 

Попобуйте, поколдуйте, например, над жёсткостью альфа-спирали.

2017.12.11 10:15:37

aest пишет:

фолдинг происходит благодаря наличию у белка "суставов", т.е. мест, где он легко может гнуться, о чем и говорит Виктория. Так что, повторюсь, основной, имеющий важность для науки вывод не опровергнут: фолдинг есть, а пикотехнология Кушелева ошибочна

Кушелев: Вы, вероятно, не поняли моего объяснения. На суставах может гнуться третичная структура белка, т.е. состоящая, например, из жёстких альфа-спиральных участков. Действительно, на уровне третичной структуры есть и фолдинг, т.е. однократная "укладка жестких участков вторичной структуры на суставах Pro", и динамический "фолдинг", т.е. по существу функционирование пико-механизмов. Я даже показал динамические модели белков, демонстрирующие этот динамический "фолдинг":

Однако Виктория пишет не об этом "фолдинге третичной структуры", а именно о мистическом фолдинге вторичной структуры, когда этот мистический "фолдинг" должен сначала разрушить построенные рибосомой "шаблоны", например, левую спираль с углами между аминокислотными остатками в 120 градусов, разорвать все водородные связи n ... (n+3), изменить все углы со 120 на 87 градусов и замкнуть заново все водородные связи уже по схеме n ... (n+5). Вот о чём дискуссия, а не о том, что угол между альфа-спиральными участками может меняться на Pro.

2017.12.11 10:46:43

aest пишет:

Напоминаю слова Виктории:
"Кстати фолдинг это не кардинальное изменение закодированного структурного шаблона, а лишь его "косметическая" оптимизация."

Кушелев: А за этими словами кроется разрушение всех водородных связей, изменение всех углов и создание всех водородных связей заново. Вот такая "травматическая косметика"

 
. . . . . Было . . . . . . . . . . Стало

2017.12.11 10:58:08

aest пишет:

Если я не ошибаюсь, альфа спираль у Виктории получается в результате фолдинга.

Кушелев: Совершенно верно! Рибосома по композиционному коду строит сначала 310-спираль (по Виктории):

 
310-спираль           альфа-спираль

после этого мистический фолдинг (будем называть вещи своими именами) разрушает все водородные связи n ... (n+3), меняет все углы между аминокислотными остатками с 120 градусов (3 АО на виток) до 100 градусов (3.6 АО на виток), после чего создает все водородные связи заново. "Травматическая косметика" в двух словах

2017.12.11 11:35:39

Victoriy пишет:

А как насчет Вашего обобщения частного случая лизоцима до всей когорты белков? Это ли не грубейшая философская ошибка, ведь дисульфидные мостики имеет менее 1 % белков.

Кушелев: Давайте разберёмся. Если 1% белков строится по композиционному генетическому коду, то какой вывод можно сделать о принципах сборки белков? Могут ли белки, в которых есть дисульфидные мостики строиться по иным принципам, чем остальные белки? Может ли альфа-спираль собираться по композиционному коду, а пи-спираль без композиционного кода?

Если уж композиционный код обнаружен, значит он работает для всех белков рибосомальной сборки. Не может же рибосома "тут работать, а там не работать". Это же абсурд!

Конечно есть нюансы. Рибосомы митохондрий работают по слегка другой таблице композиционного кода:

Более того, в некоторых организмах используется своя таблица генетического кода, но это нюансы. Если рибосома работает, то она работает одинаково при сборке любых рибосомальных белков.

2017.12.09 13:54:27

Victoriy пишет:

что Вы носитесь с этими дисульфидными мостиками лизоцима. Никто же не спорит о закодированности структуры белка в разной степени сохраняющейся в конформации белка после фолдинга последнего.

Кушелев: Если пространственная структура сохранилась в циклах лизоцимов на все 100%, то  фолдингтне нужен. 

2017.12.09 14:02:18

Victoriy пишет:

для лизоцима можно предположить замыкание находившихся по соседству в пространстве (а не в линейной последовательности аминокислот) SH-групп цистеинов в дисульфидные мостики ещё на этапе синтеза его структурного шаблона, что способствовало сохранению пространственного взаиморасположения КЛЮЧЕВЫХ узлов в этом ферменте (в частности активного центра).

Кушелев: Так по соседству атомы серы могут оказаться только в одном случае. Если все остатки установлены строго по композиционному коду. Случайно это невозможно. Для одного цикла из 22 АО вероятность случайного "расположения по соседству" равна 1/30 000 000 000, а для всех 6 циклов разных лизоцимов эту вероятность нужно ещё в 6-ю степень возвести. Получится (1/30 000 000 000)^6 = 1,37e-63 Просто нереальная вероятность.

2017.12.09 14:08:24

Victoriy пишет:

Гомологичные лизоцимы унаследовали найденный природой ход своего уникального сворачивания для формирования активного центра,

Кушелев: Если структура в окончательном варианте построена по коду, её уже невозможно свернуть. Она уже "свёрнута". Вы пытаетесь "фолдингом" положить в карман то, что там уже лежит.

В процессе эволюции композиционный код подстраивался под физико-химические взаимодействия, поэтому после денатурации белки иногда могут полностью ренатурировать. Но рибосома по композиционному коду собирает их не денатурированными, согласитесь. Известно же, что рибосома собирает белки быстро, а ренатурируют они медленно. Так что фолдинг тут неуместен.

2017.12.09 14:12:55

Victoriy пишет:

остальные несущественные детали

Кушелев: Кстати, о "несущественных деталях". В процессе исследования циклов разных лизоцимов, которые замыкаются через дисульфидные мостики, мне удалось обнаружить, что эти самые дисульфидные мостики возникают не только между цистеинами, но и между цистеином и метионином! Это научное открытие тоже прошло незамеченным, а зря...

2017.12.09 14:39:47

Victoriy пишет:

моя программа Молекулярный конструктор по коду AAG построит шаблон правой спирали полилизина, а по коду ААА - соответственно левой спирали. А далее виртуальный фолдинг с поиощью МД придаст им вид альфа- и пи-спиралей, если конечно их устойчивость выиграет в противостоянии с влиянием микроокружения. Вы же в курсе, что закодированные спирали сохраняются в конформации белка в лучшем случае на 80-90%, а в худшем - на 10-20 %.

Кушелев: Итак, в процессе дисскуссии выяснилось, что после исправления программы от Prosolver вторичные структуры полилизинов, построенных по кодам n(AAA) и n(AAG) по Соколик и Кушелеву полностью совпали:

Однако, Виктория Соколик утверждает, что рибосома соединяет водородными связями остатки левой спирали через 3 АО, а потом некий "фолдинг" разрушает все эти водородные связи и создаёт заново, но уже через 5 АО. Согласитесь, что это абсурд.

2017.12.09 14:52:15

Алгоритм определения вторичной структуры полилизина у Вас оказался правильный, т.е. точно такой же, как у меня. Просто в программе от Prosolver он не был реализован.

Осталось исправить таблицу углов, т.е. чтобы по коду пи-спирали строилась именно пи-спираль, а не полуфабрикат, который потом нужно переделывать в пи-спираль

2017.12.09 17:43:44

Victoriy пишет:

это не совпадение с Вашими моделями, а соответствие экспериментальным данным.

Кушелев: Я бы рад ошибиться и признать свою ошибку, особенно, если Вы сможете показать экспериментальные данные по белку: XM_022674627, который является прямой пи-спиралью длиной 263 аминокислотных остатка, т.е. 263/4.1=64 витка прямой пи-спирали.

И это при том, что официально считается: http://info-farm.ru/alphabet_index/p/pi-spiral.html
Цитата:  Длинная ливозакручена π-спираль вряд наблюдается в белках
Конец цитаты.

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%92%D1 … 1%80%D0%B0
Цитата: π-спираль, или спираль 516, — спираль с широкими витками, в результате в центре спирали остаётся пустое пространство. В белках встречается редко, обычно не более одного витка.

2017.12.11 02:03:52

aest пишет:

Виктория утверждает, что замыкание происходит во время синтеза структурного шаблона, а потом происходит фолдинг.

Кушелев: Вы точно ничего не напутали? Если дисульфидный мостик замкнулся, то пространственная структура белка зафиксирована. Это всё равно, что закрыть дверь на ключ.

Гипотеза фолдинга заключается в том, что из рибосомы выходит типа линейная цепочка аминокислотных остатков, которая сама, т.е. уже без рибосомы, сворачивается в объёмную конструкцию.

А я на примере циклов лизоцимов показал, что углы между аминокислотными остатками запрограммированы в таблице композиционного генетического кода, т.е. рибосома по композиционному коду сразу собирает вторичную структуру белка. Например, если код n(AAG), то из рибосомы выходит прямая альфа-спираль с водородными связями между n-ой и n+4-ой пептидными группами. Если код n(AAA), то выходит прямая пи-спираль с водородными связями между n-ой и n+5-ой пептидными группами. Сворачивать уже ничего не требуется. Либо нужно сначала разломать закодированную вторичную структуру,  а потом снова сделать, что абсурдно, согласитесь. Открытие композиционного кода опровергло гипотезу фолдинга. Другое дело - укладывание вторичной структуры белка в третичную. Если между спиральными участками попадаются суставы Pro, то спиральные участки могут двигаться, как кости скелета на суставах. И тут уже вступают в действия силы притяжения и отталкивания между участками спиралей. Этот процесс вполне можно назвать фолдингом, но ... фолдингом уровня третичной структуры, которая складывается из жестких спиральных (и не очень) участков вторичной структуры. Циклы лизоцимов - это законченные третичные структуры, которые фолдингу не подлежат, т.к. дисульфидный мостик уже замкнулся и зафиксировал пространственную форму. И случилось это в процессе рибосомальной сборки, а не в процессе мистического фолдинга уровня вторичной структуры. Ведь дисульфидный мостик замкнулся уже на уровне геометрического алгоритма, т.е. композиционных кодов и композиционных углов. Это значит, что никаких взаимных движений на суставах Pro не было. Как построили, так и стоит.

Поймите, что нельзя построить (фолдингом или чем угодно) то, что уже построено. Либо надо ломать и строить заново, что абсурдно.

2017.12.09 13:35:57

Victoriy пишет:

и левая спираль или поворот (NNА)

Кушелев: А это уже ближе к делу. Значит Ваша программа по коду AAA действительно построит не правую, а левую спираль. Но реальная пи-спираль имеет 4.1 аминокислотных остатка на виток: http://info-farm.ru/alphabet_index/p/pi-spiral.html .

Аминогруппа одной аминокислоты формирует водородную связь с C = O группой аминокислоты на пять остатков ранее

А это значит, что Ваш "фолдинг" должен разорвать все водородные связи с третьими аминокислотными остатками и создать новые водородные связи с пятыми аминокислотными остатками, что сами понимаете, нереально.

По коду AAA рибосома сразу ставит аминокислоту так, чтобы водородная связь замкнулась на пятый аминокислотный остаток. И не надо ничего переделывать 

Но самое интересное, что пи-спираль в Вашей программе так же однозначно закодирована, как и в моей программе Пикотех, т.е. в Вашей таблице AAA - тот же композиционный код пи-спирали, а код AAG - тот же композиционный код альфа-спирали.

Вы просто ввели в заблуждение отсутствием вторичной структуры в программе от Prosolver:

Пи-спираль по коду AAA (Кушелев) и отсутствие вторичной стуктуры по коду AAA (Соколик)

Я так понял, что эту ошибку Вы частично исправили в программе "Молекулярный конструктор", т.е. теперь по коду AAA программа показывает не отсутствие вторичной структуры, а левую спираль, но ещё не 4.1 аминокислотных остатка на виток, а 3. Но это тоже дело поправимое. Ведь в следующей версии можно изменить 3 на 4.1. И не нужно никаких чудо-"фолдингов" для превращения всех неправильных углов пи-спирали в правильные 

2017.12.09 13:33:17

Victoriy пишет:

На основе структурного шаблона правой спирали в ходе фолдинга могут быть смоделированы все три основных разновидностей правых спиралей: 3/10-, альфа- и пи-.

Кушелев: Так-так-так... Пи-спираль вообще-то левая, 4.4 остатка на виток. Но я уже писал, что бог с ними, с этими переделками 310-спирали в разные спирали белков. Вы скажите, откуда "фолдинг" узнает, во что переделывать "310-шаблон". Ведь информация о том, что полилизин будет пи-спиралью, содержится в кодах: n(AAA), а информация о том, что полилизин будет альфа-спиралью, содержится в кодах n(AAG). В шаблоне информации типа AAA/AAG уже не содержится. Верно? Так откуда "фолдинг" узнает, во что переделывать шаблон? Где информацию брать? 

Рассмотрите пи-спираль полилизина, построенная по триплетам AAA и альфа-спираль полилизина, построенная по триплетам AAG.

2017.11.24 11:26:02

Victoriy пишет:

фолдинг этих самых структурных шаблонов в энергетически устойчивую функциональную конформацию

Кушелев: Уважаемая Виктория! Как Вы прокомментируете открытие программных спиралей белковых молекул?

Здесь Вы видите 19 вторичных структур поливалина. На схеме вторичной структуры представлены фундаментальные спирали:
альфа-, 310-, пи-, бета-
и программные:
14-, 35-, 352-, 144-, 25-, 22225-, 411412-, 255-, 2444-, 1144-, 11444444-, 23-, 335(коллагеновая)-

Помните, как мы с Вами дискутировали по поводу лизиновых "хвостов", т.е. участков пи-спиралей длиной более 10 аминокислотных остатков? Вы ещё писали, что это всё гипотетические структуры...

А как Вы прокомментируете тему: "Рекорды сверхдлинных спиралей белковых молекул"?

Там встречаются фундаментальные спирали (альфа-, 310-, пи-, бета-) длиной более 3000 аминокислотных остатков. И программные спирали, в т.ч. фрактальные более 100 периодов, например, по 35 аминокислотных остатков в периоде, т.е. более 3500 аминокислотных остатков в спирали.

Если бы была верна гипотеза фолдинга, то зачем было бы кодировать все эти спиральные структуры?

Антигомология = программная аллотропия опровергает гипотезу фолдинга. Согласны?

*

*

Модель 2012 года, версия 4 var

http://molbiol.ru/forums/index.php?show … &st=50

А размеры Вы можете привести? Например, у дырки какие? И, например, у всего коннексона в поперечине?

Кушелев: Давайте вместе посчитаем. Шаг альфа-спирали известен - 0,54 нм
Считаем число витков, и умножаем на 0.54 нм
Если я не ошибся, то внизу получилась масштабная линейка с шагом 0.54 нм. Считаем габаритный размер и размер отверстия. Габаритный размер 0.54*22=~12нм. Это грубая оценка. Если нужно, то можно вывести точный мастшаб в 3DS Max smile.gif Диаметр отверстия 0.54*(6...7)=~3...4 нм

В этом ракурсе видно, что соседние коннексины должны входить в зацепление и двигаться до внешнего изгиба альфа-спирали соседнего коннексина. Четвертичную структуру удобнее собирать из 3D-распечаток субъединиц. В виртуальном пространстве сборку четвертичной структуры делать значительно сложнее. Хотя, если есть суперкомпьютер, специальные программы, шлем, перчатки, то может быть удобнее будет именно в виртуальном пространстве...

Вот тут-то и проблемка...
По РСА размер самой узкой части отверстия 1,4 нм, ошибка больше, чем в два раза. А это самая важная характеристика, связанная с пропускной способностью контакта. И точность РСА Вас тут уже не спасет.

Кушелев: В данном случае ошибка в два раза - вполне нормально. Я просто ошибся при сборке четвертичной структуры. Если зацепить коннексины, чтобы альфа-спираль одного коннексина двигалась внутри другого, то размер отверстия как раз совпадёт. Кроме того, точные размеры можно получить не на упрощённой модели, где один аминокислотный остаток показан 14-гранником, а на более точной модели, где один электрон показан одним кольцом.
Так что не торопитесь с выводами. Сначала нужно правильно сложить субъединицы, а потом уже сравнивать
В случае зацепления коннексинов размер отверстия коннексона получается 1.5-2 нм, но нужно учитывать, что в этой модели не показаны радикалы аминокислотных остатков. А радикалы могут уменьшить диаметр отверстия на 0.5...1 нм. Так что имеет смысл построить менее упрощённую пикотехнологическую модель четвертичной структуры коннексона.

Кстати, я не понял, что означает размер Entrance diameter 35A ? Это размер отверстия при максимальном увеличении диафрагмы-коннексона?

Кушелев: Тогда получается, что отверстие не может уменьшиться до нуля, как я пытаюсь изобразить в анимации? Тогда понятно, почему альфа-спирали налезают друг на друга. Они просто не могут до такой степени сблизиться, чтобы отверстие уменьшилось до нуля.
А с выводами Вы зря торопитесь. Модель ещё не доделана. Есть только пикотехнологическая модель третичной структуры, которая построена автоматически.

И вообще, я бы сказал, что общий вид коннексона, полученного с помощью Вашей модели, совершенно не похож на реальный.

Кушелев: Все так считают?

В случае зацепления коннексинов размер отверстия коннексона получается 1.5-2 нм, но нужно учитывать, что в этой модели не показаны радикалы аминокислотных остатков. А радикалы могут уменьшить диаметр отверстия на 0.5...1 нм. Так что имеет смысл построить менее упрощённую пикотехнологическую модель четвертичной структуры коннексона.

Программа Пикотех не делает четвертичную структуру. Я же Вам объяснил, что четвертичную структуру приходится собирать вручную. При этом делать это в виртуальном пространстве 3DS Max без виртуальных перчаток, стереошлема и специальной программы очень неудобно. Поэтому с первого раза угадать четвертичную структуру коннексона не удалось. Да и со второго раза тоже, т.к. альфа-спирали налезают друг на друга. Похоже, что субъединицы должны быть несколько повёрнуты по другим осям.
Кстати, я не понял, что означает размер Entrance diameter 35A ? Это размер отверстия при максимальном увеличении диафрагмы-коннексона?
Тогда получается, что отверстие не может уменьшиться до нуля, как я пытаюсь изобразить в анимации? Тогда понятно, почему альфа-спирали налезают друг на друга. Они просто не могут до такой степени сблизиться, чтобы отверстие уменьшилось до нуля.
А с выводами Вы зря торопитесь. Модель ещё не доделана. Есть только пикотехнологическая модель третичной структуры, которая построена автоматически.

Электроны вообще не бывают в виде колец! Они ни в виде ничего, они "размазаны" по некоторой области, причем трехмерной. В инертных газах это будут не кольца, а примерно сферы с некоторой, не определяемой точно толщиной, если же атом связан с какими-то другими атомом, то там уже это какие-то фигуры сложной формы.
Приведите статью, в которой говорится, что есть ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ данные, противоречащие данной конфигурации.

Кушелев: Почему, собственно? Десятки исследователей пришли к выводу, что лептоны, в частности электроны имеют форму тора. Не знали? 
Вот здесь подробнее можно узнать: http://nanoworld88.narod.ru/data/104.htm

Кольцегранные модели атомов: https://docs.google.com/document/d/1C_JL6W24jEktuwJgZocTB4R4sPyr-csg/edit

Joint Pro and Proline tuning

Вокруг какой оси гнётся пролин

Как работает транспозиционный угол

Пробный заказ для Института белка делается путем распечатки на 3D принтере жестких участков для последующей сборки пластмассовой модели с учетом изгиба на остатках пролина (Pro) и метионина (Met). 

В исследуемом белке - 15 жестких участков, разделенных пролинами и 12 метионинов.

Один изгиб на 377-ом Pro показан на этой анимации:

Татьяна Рясина пишет:
А  а если есть  аминокислотный остстаток Pro, он гнёт молекулу, это сустав.  И возникает 3D структура из 2D.

Кушелев: Не просто гнёт. Белки и без Pro могут иметь "гнутую форму" и изломы. Например, альфа-спираль может "ломаться" на композиционных кодах бета-спирали или пи-спирали. И наоборот, пи-спираль может "ломаться" на композиционных кодах альфа-310-бета-спиралей.

Когда же в структуре белка присутствует Pro, то в этом месте белок может гнуться в процессе функционирования, аналогично открыванию и закрыванию дверцы шкафа, сгибанию и разгибанию руки в суставе.

Можно сделать версию программы Пикотех, которая будет показывать эту динамику:

Аминокислотный остаток Pro

Некорректное изображение Pro выделено сиреневым цветом. Это помогло мне заметить, что спираль соединена с остальной частью белка как раз через пролин! Понятно, что спираль может поворачиваться на пролине и прижаться к остальной части белка.

Согнув структуру белка на Pro62 мы можем пододвинуть His63 ещё ближе к His46 и His48. His120 тоже пододвинется к ним, если согнуть структуру белка на Pro66 и Pro74.
Таким образом все 4 гистидина окажутся рядом без изменения композиционных углов!
А вероятность такого совпадения будет 1/(3^17*3^57*3^2)=1/3^76=10^-36
Один шанс из 1 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000

К сожалению, пока гибкость белка на пролинах ещё не реализована в программе Пикотех, поэтому такие белки можно доделывать пока только вручную. Но эта работа ничтожна по сравнению с основной, которую выполняет компьютер по табличной функции.

В программе "Молекулярный конструктор" согнуть белок на пролинах должно быть проще, чем в программе 3DS Max. Попробуем?

Кстати, обнаружился ещё один активный центр, состоящий из трёх аминокислотных остатков, к которым может приближаться и His63. Они выделены красным цветом.

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5604/126 … 6_orig.jpg

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4404/126 … 9_orig.jpg

Атом, принадлежащий пролину (Pro22), помечен зелёным цветом. Именно в этом месте нужно согнуть модель белка

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4515/126 … 1_orig.gif

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5604/126 … c_orig.png

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5604/126 … 0_orig.jpg

НА ЗАМЕТКУ

Программа PyMOL позволяет подписать аминокислотные остатки прямо на модели.

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126 … b_orig.gif

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126 … d_orig.gif

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5505/126 … d_orig.gif

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5009/126 … c_orig.gif

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/4514/126 … 4_orig.gif

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/5604/126 … 4_orig.gif

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/58191/12 … b_orig.gif

3DS Max, PyMOL и PhotoShop позволяют подписать название аминокислотных остатков на пикотехнологической (кольцегранной) модели белка.

*

*

Высоко периодичные структуры белков

*

Кольцегранные модели в физике и химии, молекулярной микробиологи и биохимии

*

*

Уважаемые коллеги!

СОЗДАНИЕ РАСШИРЕННОЙ ВЕРСИИ ПИКОТЕХНОЛОГИИ

Только 3% белков поддаются кристаллизации, т.е. могут быть исследованы методом РСА (рентгено-структурного анализа). Метод РСА трудоёмок, затратен по времени и стоимости.
Метод Пикотех, основанный на открытии Композиционного генетического кода, бытро выдаёт точные, детальные и масштабируемые пространственные изображения белковых молекул.

Силами нескольких программистов создан  Online service PROTEIN PICOTECHNOLOGY

Стуктуры 2D Пикотех выполняются в автоматическом режиме. 
Структуры 3D Пикотех в зависимости от состава молекул выполняются либо в автоматическом (по геометрическому шаблону) либо в ручном режиме (с учётом физико-химических взаимодействий, а также свойств сустава Pro, являющихся ноу-хау Лаборатории Наномир). 
Фактически запрограммирована табличная функция "код-структура". Пространственная структура белка на уровне геометрического алгоритма тоже получается в первом приближении.

Создвание программного обеспечения для построения  структур 3D Пикотех - более сложная задача, требующая участия коллектива программистов.

Учитывая, что экономический эффект от создания полноценной системы "Пикотехнология 3D" трудно переоценить, хочу предложить Вам рассмотреть возможность решения этой грандиозной проблемы. 

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЕ ОПРЕДЕЛЕНИЕ СТРУКТУР ПРОГРАММЫНЫХ СПИРАЛЕЙ МЕТОДОМ РСА

В лаборатории Наномир создана новая технология определения структуры белковых молекул, которая работает примерной в миллиард раз быстрее РСА. Наша задача в кратчайшие сроки проверить новую технологию, т.к. от её внедрения человечество может получить фантастический эффект. Просим сообщить о возмоности экспериментально выяснить структуры белков, приведённых ниже, методом рентгено-структурного анализа.

Предлагаем проверить Пикотехнолгию белков на простых структурах типа поливалина:

ETC64880: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/564568708

OXS06857: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1226034760

KOF67455: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/918287724

OUM69688: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1198313040

PIS11988: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1277217132

KOF75295: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/918302080

OLP77457: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129165616

KYM86846: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1009361734?&fmt_mask=65536

OTF86159: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM007906.1?report=fasta&sat=37&satkey=307832265&itemID=1362

KKF17324: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/808866584?&fmt_mask=65536

XP_002382247: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/238502026

OLP98873: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129194414

CDW76368: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/678335661

AHB99005: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/564747871?&fmt_mask=65536

OAQ27448: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1032646064

OUM69730: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1198313040

OGL53990: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1084158629

EIE92391: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/76151980

XP_001590524: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/156049114

OTG33229: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CM007891.1?from=7600734&to=7601591&sat=37&sat_key=307832447

OLQ06943: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1129204435

XP_001895277: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/170580473

XP_001584576: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/156030497

KOF84884: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/918315370

С уважением,
Александр Кушелев,
Руководитель Лаборатории Наномир.
+7 (903) 2003424
kushelev20120@yandex.ru

2016.12.25 22:36:04

Кушелев на CASP - неудобный конкурс, неудобный конкурсант

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201402/16194748.html

Организаторы CASP 2014 рассекретили списки участников!

Их оказалось в 10 раз меньше заявленного количества...

Пример белка из CASP8. Целевая структура показана цветом в ленточной модели. Показано наложение 354 предсказанных структур (серый цвет, визуализация остова). CASP (англ.Critical Assessment of protein Structure Prediction, критическая оценка предсказания белковых структур) — масштабный эксперимент попредсказанию белковых структур. Проходит с 1994 года с периодичностью каждые два года.[1] CASP объективно тестирует методы предсказания белковых структур и предоставляет независимую оценку структурного моделирования. Основная цель CASP — помощь в улучшении методов определения трехмерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Более 100 исследовательских групп принимают участие в проекте на постоянной основе. CASP считается всемирным соревнованием в науке структурного моделирования. Википедия

CASP 2012

http://nanoworld88.narod.ru/data/279.htm

diprospan: Почему один и тот же пост в среду 11 янв 2012 в 12:02 выглядит в оригинале eng и после перевода rus по разному ?

Kushelev: Это ещё мелочи. Почему утром в теме было 4 страницы, а вечером осталась одна? Похоже, что в конкурсе CASP нас будут ждать если не тройные стандарты, то двойные стандарты точно ...

Напомню, что в конкурсе CASP3 перед розыгрышем призов из списка участников неожиданно исчезло 5 лабораторий, в т.ч. и лаборатория Наномир: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/cafasp.htm

Руководитель конкурса сообщил, что данные, накопленные на сервере CAFASP за полтора месяца, были удалены "по техническим причинам".

Вероятно, по тем же причинам в начале февраля исчезли все мои сообщения на форуме FORCASP в теме, которую я открыл 11 декабря 2011 года. Но, рукописи не горят, поэтому желающие могут прочесть копию уничтоженной темы: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/index.htm

Подробнее см. в 297-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Виктория Соколик вынуждена портить модель, подстраивая реальность под устаревшие официальные взгляды...

О пригодности CASP для пикотехнологов можно прочесть в 284-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Пикотехнологические модели на конкурс CASP10 можно посмотреть в 310-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Попытки связи с организаторами конкурса CASP похожи на общение с радиоточкой...

Кстати, никаких данных, по которым можно было бы понять, что за группа Victoria принимает участие в конкурсе CASP, я не обнаружил. Это значит, что на конкурсе CASP скрыты данные, указанные при регистрации группы, например, сайт группы.

Научное открытие на конкурсе CASP прошло незамеченным...

Ни организаторы CASP, ни его участники, ни потенциальные заказчики белковых структур не заметили научное открытие, сделанное мною на конкурсе CASP в 2012 году. Ни у кого даже вопросов не возникло по структуре интерлейкина-34...

Пикотехнологическая модель интерлейкина-34

http://subscribe.ru/archive/science.news.nanoworldnews/201402/16194748.html

Кушелев: Глазам своим не верю! Неужто на сайте можно найти данные из лаборатории Наномир?!

Наша группа выступает под номером 469, но на самом деле в конкурсе принимают участие 44 участника 

Виктория Соколик: Я Вам больше скажу, если Вы кликните на оранжевый график например R0001, то у Вас на экране появится окошко с его большим изображением и активными окнами в заголовке: http://predictioncenter.org/casprol/gdtplot.cgi?target=R0001&group=5&models=first Смело нажимайте Tables и получите данные по первой задаче для всех участников CASP, а заодно и искомый список участников. В других опциях заголовка можно ознакомиться с оценочными данными и критериями для представленных моделей всех участников. Удачи в анализе материала. Надеюсь, что данная информация положит конец Вашим эскападам в адрес организаторов этого конкурса. Все результаты на виду, нужно было только разобраться вместо того, чтобы сыпать беспочвенными обвинениями и подозрениями.

Кушелев: Я с самого начала считал организаторов порядочными людьми, пока они не исключили из списка участников 5 лабораторий, включая лабораторию Наномир

А в 2012-ом году списки участников были засекречены вообще. И всех, кто интересовался этими списками на форуме ForCASP забанили, а дискуссию, в которой принимало участие более 10 человек из разных стран, уничтожили. Копию этой дискуссии я скоро снова выложу на сервер. Начало дискуссии на форуме ForCASP опубликовано в 300-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир"

Но времена меняются, и теперь списки участников CASP 2012 года стали доступны. Это радует. Давайте посмотрим данные группы Victoria.

В конкурсе CASP3 лаборатория Наномир числилась среди участников на последнем, 33-ем месте. В конкурсе CASP10 (2012г.) наша группа Victoria числится тоже на последнем, 44-ом месте. Как видим в конкурсе реально участвуют 44 группы.

Кушелев: В конкурсе CASP по прежнему в качестве входных данных предлагается аминокислотная последовательность, которая не содержит информации о вторичной структуре белка...

Пространственную модель и PDB-файл конкурсного белка на конкурс CASP не принимают, т.к. официально считается, что расстояния между атомами не могут быть меньше некоторой величины, которая не соответствует реальности.

2012.02.15 13:00:19

Уважаемая Виктория!

А что нам пишут организаторы CASP?

Dear member of CASP community,

Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, and a member of this community since 1998) is organizing a collaborative group to participate in CASP10 and possibly in CASP ROLL if time permits. This collaborative experiment will let different groups or individuals work on different components of the protein structure prediction pipeline (like alignment, loop modeling, scoring, etc) thus making it possible to leverage expertise at a large scale. The initial goal is to focus on ab initio targets. Certain groups may want to participate in the collaborative effort for all the ab initio targets while others may want to do just a few of them.

If you would like to learn more about this effort please visit wefold.wordpress.com or contact Silvia directly at SNCrivelli@lbl.gov.

Victoria пишет:

Они пишут, что
Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, член CASP с 1998) организует совместную группу, чтобы участвовать в CASP10 и возможно в CASP ROLL, если успеет. Этот совместный эксперимент позволит различным группам или индивидуумам работать над различными компонентами предсказания структуры белка (такими как выравнивание, моделирование петли, выигрыш, и т.д.) таким образом позволяя усилить экспертизу в большем масштабе. Начальная цель состоит в том, чтобы сосредоточиться на задачах. Определенные группы могут участвовать в совместном решении всех задач с самого начала, в то время как другие могут сделать только несколько из них.

Если Вы хотели бы узнать больше об этом намерении, пожалуйста, посетите wefold.wordpress.com или свяжитесь с Сильвией непосредственно в SNCrivelli@lbl.gov.

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Victoria пишет:

Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .

Кушелев: Может быть напишем ей, расскажем о пикотехнологии? Нам любые зацепки могут помочь выйти на рынок белковых структур. Если предложит объединить усилия, то почему бы и нет? Главное условие, чтобы наше участие было задокументировано. Всё остальное - мелочи 

2012.02.15 20:38:00

Пикотехнология белков, ДНК, РНК

Victoria пишет:

Я не представляю, что мы сможем сделать для Silvia Crivelli и её группы поскольку предполагается, что она разбивает каждую задачу на подзадачи и раздаёт участникам для выполнения громоздким трудо- и время-затратным методом моделирования по гомологии, в котором надо в PDB банке спецпрограммами отыскать подобные заданным куски аминокислотных последовательностей с известной структурой и рассчитывать/надеяться  на то, что они будут иметь искомую структуру одной из задач CASP.
Мы же с Вами моделируем совсем по другому, буквально сразу получая готовый PDB файл с координатами атомов белка. Ну предложим мы группе Silvia Crivelli уже решенные нами модели, которые загружены на сайте конкурса CASP от имени нашей группы, и ЧТО?
Если бы они в рамках конформационного анализа хоть молекулярную динамику запускали, то можно было бы проверить на наших уже готовых файлах PDB, не сбивается ли пептид в кучу в гидрофобном или гидрофильном микроокружении, может он имеет возможность как-нибудь ещё удачнее сфолдировать свою конформацию из синтезированного структурного шаблона, который мы собственно и моделируем.
Но судя по тексту Silvia Crivelli о таких возможностях в её группе речь не идёт.
А.Ю., я думаю не нужно суетиться и во что бы то не стало стремиться нас засветить. Закончиться конкурс, посмотрим, как наши таланты оценят профессионалы и организуем собственный сервер предсказания/моделирования структур белка. А время и качество наших моделей помогут нас отобрать в естественном отборе лучших из уже существующих как минимум 25 серверов .

Кушелев: Какое совпадение! Я тоже так думал в 1998-ом году, особенно, когда организатор конкурса CASP3 прислал мне лично 43 dne-файла всех конкурсных белков. Но когда все данные, которые ставились на сервер в течение полутора месяцев неожиданно исчезли (и так у 5 разных групп из 33), я понял, что "не всё так просто". Поэтому практически не сомневаюсь, что нас с Вами ждёт та же участь и в этом году, если мы не сможем объединить усилия, например, с Silvia Crivelli.

Мы ей однозначно нужны, т.к. можем дать структуры всех белков даже точнее, чем это может РСА и др. экспериментальные методы. Когда она это увидит, то вряд ли откажется от сотрудничества. А её выкинуть с конкурса вряд ли получится. Поэтому у нас есть очень высокие шансы победить вместе с Silvia Crivelli и практически нулевые шансы дойти до финиша без сотрудничества. Нас выкинут, и никто об этом не узнает. Ведь списка участников нет и скорее всего не будет. Поэтому я бы связался с Сильвией и предложил ей выгодное сотрудничество. У нас будет беспроигрышный вариант в том случае, если Сильвия сможет задокументировать наше участие в CASP10. Речь не идёт о призовых местах, хотя и это исключать нельзя. Но пока мы там никто. Нас просто нет по документам. То, что Вам показывают, никто не видит. И если нас выкинут с конкурса, никто об этом не узнает.

В 1998-ом году результаты лаборатории Наномир видели все участники и гости конкурса на протяжении полутора месяцев. И то наше исчезновение из списка участников никто не заметил. А в этом году нас вообще нет в списке. Наши данные, конечно получат и проанализируют, только потенциальные клиенты об этом ничего не узнают. В таком случае у нас нет смысла участвовать в конкурсе вообще. А Сильвия нам может помочь стать полноправными участниками CASP10.

2012.02.15 21:20:22

Victoria пишет:

Ну, во-первых никто не видит не только группу Victoria, но и группу Silvia Crivelli, а также все остальные. Открыт только список автоматических серверов. А во-вторых, почему Вы решили, что вместе с ней надёжнее? Вы нашли её группу в списке участников предыдущих конкурсов CASP? Если Вы уверены, что так надежнее, то, как говориться, Вам и карты в руки: лично записывайтесь в группу Silvia Crivelli и отправляйте ей готовые файлы PDB для R0001, R0005, R0006 и т.д. Я ни за эту тётю, ни за другого дядю работать не хочу и не буду.

Уважаемая Виктория! Я Вас прекрасно понимаю. Я же сам так же думал. Но давайте рассуждать. Письмо от Сильвии мы с Вами получили. Похоже, что то же письмо получили и остальные участники CASP10. Верно? Значит о существовании Сильвии знаю все участники CASP10. Мы с Вами можем послать письма всем участникам CASP10? Не можем. Значит Сильвия сумела договориться с организаторами CASP10. А это значит, что с её помощью о нас тоже узнают все участники конкурса.

Конечно, можно пойти и другим путём. Попытаться через организаторов CASP10 разослать аналогичные письма с предложением о сотрудничестве со всеми участниками CASP10. Ну, а если не получится, то остаётся вариант сотрудничества с Сильвией. Иначе у нас шансов (нет, не выиграть конкурс!) просто остаться участниками "ноль целых, ноль десятых". Никто из участников CASP10 просто не узнает, что мы участвовали в этом конкурсе.

Теперь о надёжности. Я не утверждал, что вместе с Сильвией надёжнее. Я писал, что если она сможет задокументировать наше участие в CASP, а она похоже сможет, то наши шансы возрастут немерено. Я имею в виду шансы на то, что нас не выкинут из участников конкурса. А в случае победы группы Сильвии победим и мы.  Вы же понимаете, что клиенты объединённой группы на самом деле наши клиенты  Они придут к Сильвии, а без нас она не сможет им дать структуры белков...

Теперь по поводу "Я ни за эту тётю, ни за другого дядю работать не хочу и не буду".

Если будет задокументировано наше участие и то, что мы делаем, то Вам не придётся ни за кого работать. У Вас не смогут отнять то, что Вам принадлежит. Все делают свою работу, а в результате в группу придут клиенты. И без нас этим клиентам структуры белков дать не смогут. Мы же не предлагаем пользоваться нашей программой. Мы всего лишь даём попробовать на вкус результаты работы наших программ, алгоритмов, Ноу-Хау...

Вас же никто не уговаривает рассказывать секреты, которые позволяют Вам определять структуры конкурсных и вообще любых белков 

Так что с Сильвией договариваться нужно именно Вам, тем более, что Вы знаете английский и сможете понять, что она напишет и написать, чтобы она поняла.

Я бы в первом же письме показал ей и модель интерлейкина-34 (димера), и модель гексамера инсулина, и спираль коллагена. Если она увидит пикотехнологические модели, то скорее всего заинтересуется. А в этом случае начнётся взаимовыгодное сотрудничество. Даже если с CASP она нам не сможет помочь, то через неё мы можем выйти на клиентов, которым нужны структуры белков.

Мы сейчас работаем не на кого-то, а на собственную перспективу. Достаточно найти клиентов на структуры белка, и нам больше не придётся считать копейки 

Кстати, может быть Сильвии удастся уговорить организаторов раздобыть все нуклеотидные последовательности конкурсных белков...

2012.02.15 21:29:11

http://molbiol.ru/forums/index.php?show … amp;st=200

http://img-fotki.yandex.ru/get/5506/126 … b_orig.gif

2012.02.15 23:44:22

Victoria пишет:Kushelev пишет:

Письмо от Сильвии мы с Вами получили. Похоже, что то же письмо получили и остальные участники CASP10. Верно? Значит о существовании Сильвии знаю все участники CASP10. Мы с Вами можем послать письма всем участникам CASP10? Не можем. Значит Сильвия сумела договориться с организаторами CASP10. А это значит, что с её помощью о нас тоже узнают все участники конкурса..

Не верно. Письмо от Сильвии получили только Вы. Я полагаю потому, что Вы зарегистрировались на сайте CASP, но не выступили на CASP ROLL. Мне или кому-либо ещё, кто зарегистрировался и там, и там Сильвия писем не шлёт. Она просто не подозревает, что Вы в группе Victoria, вот и пытается собрать группу из волонтёров-одиночек, которые не вступили в игру.

Kushelev пишет:

Конечно, можно пойти и другим путём. Попытаться через организаторов CASP10 разослать аналогичные письма с предложением о сотрудничестве со всеми участниками CASP10. Ну, а если не получится, то остаётся вариант сотрудничества с Сильвией. Иначе у нас шансов (нет, не выиграть конкурс!) просто остаться участниками "ноль целых, ноль десятых". Никто из участников CASP10 просто не узнает, что мы участвовали в этом конкурсе.

Это против правил. Где взяла Сильвия Ваш электронный адрес ей виднее, может случайно набрела на форум Наномир по ключевому слову CASP ROLL. Мне трудно представить, что на правах завсегдатая конкурса она соревнуется по принципу "все средства хороши". Хотя везде только лишь люди...

Kushelev пишет:

Теперь о надёжности. Я не утверждал, что вместе с Сильвией надёжнее. Я писал, что если она сможет задокументировать наше участие в CASP, а она похоже сможет, то наши шансы возрастут немерено. Я имею в виду шансы на то, что нас не выкинут из участников конкурса. А в случае победы группы Сильвии победим и мы.  Вы же понимаете, что клиенты объединённой группы на самом деле наши клиенты  Они придут к Сильвии, а без нас она не сможет им дать структуры белков...

По Станиславскому "...НЕ ВЕРЮ"

Kushelev пишет:

Так что с Сильвией договариваться нужно именно Вам, тем более, что Вы знаете английский и сможете понять, что она напишет и написать, чтобы она поняла.
Я бы в первом же письме показал ей и модель интерлейкина-34 (димера), и модель гексамера инсулина, и спираль коллагена. Если она увидит пикотехнологические модели, то скорее всего заинтересуется. А в этом случае начнётся взаимовыгодное сотрудничество. Даже если с CASP она нам не сможет помочь, то через неё мы можем выйти на клиентов, которым нужны структуры белков.
Кстати, может быть Сильвии удастся уговорить организаторов раздобыть все нуклеотидные последовательности конкурсных белков...

А.Ю., постарайтесь на меня не обижаться, но я не буду вступать в переписку с Сильвией ни от своего, ни от Вашего имени. Вы ведь тоже не делаете того, что Вам не интересно.

2012.02.15 23:44:42

Victoria пишет:

Не верно. Письмо от Сильвии получили только Вы. Я полагаю потому, что Вы зарегистрировались на сайте CASP, но не выступили на CASP ROLL. Мне или кому-либо ещё, кто зарегистрировался и там, и там Сильвия писем не шлёт. Она просто не подозревает, что Вы в группе Victoria, вот и пытается собрать группу из волонтёров-одиночек, которые не вступили в игру.

А... Очень интересно. А как она смогла узнать о моём существовании? Почему я не могу узнать о её существовании, о Вашем (через CASP) и о существовании других участников CASP10 ?

2012.02.15 23:51:16

Victoria пишет:

Это против правил. Где взяла Сильвия Ваш электронный адрес ей виднее, может случайно набрела на форум Наномир по ключевому слову CASP ROLL. Мне трудно представить, что на правах завсегдатая конкурса она соревнуется по принципу "все средства хороши". Хотя везде только лишь люди...

Вообще-то я не вижу нарушений правил. Ведь в условиях CASP не сказано, сколько может быть участников в группе и т.д. Так что предложение Сильвии вроде как в рамках правил CASP. Что касается "всех средств", то пока я заметил только предложение по кооперации. Не вижу в этом ничего плохого. Наоборот, если у нас есть наиболее точные координаты атомов, а у Сильвии есть другие возможности, которых нет у нас, то объединение усилий - это шанс на победу по многим параметрам. Ведь CASP - это всего лишь тактика, а выход на клиентов - часть стратегии...

2012.02.15 23:53:04

Victoria пишет:

По Станиславскому "...НЕ ВЕРЮ"

А зачем тут верить, когда без Вас Сильвия просто не сможет дать клиенту pdb-файл 

2012.02.15 23:58:30

Victoria пишет:

А.Ю., постарайтесь на меня не обижаться, но я не буду вступать в переписку с Сильвией ни от своего, ни от Вашего имени. Вы ведь тоже не делаете того, что Вам не интересно.

Кушелев: Уважаемая Виктория! Понятие "обида" для меня не существует. Что касается "неинтересно", то это может означать "непонятно". И мне нетрудно объяснить, почему Вам на самом деле интересно. Сильвия нам может помочь однозначно. Например, оповестив всех участников и гостей конкурса CASP о нашем существовании. При этом Вы ей ничего не должны 

Кушелев: Администрация CASP удалила 4 сообщения из 5.

Вот, что осталось:http://predictioncenter.org/forcasp/vie … bf7044752b

При этом ответа так и не последовало. Список участников международного конкурса CASP10 организаторы держат в строгом секрете...

Зачем это нужно? Чтобы можно было незаметно избавиться от любого участника. Мой личный опыт показывает, что перед подведением итогов организаторы конкурса CASP избавляются даже от тех участников, которые есть в официальном списке.

В1998-ом году из списка участников исчезло 5 из 33

А которые не числятся в списке, о тех вообще речи нет. "Нет человека, и нет проблем" 

2012.06.11 10:48:57

3212-спираль напоминает бета-спираль, только имеет пятиричную симметрию (как и семеричная спираль, квазисимметрию, естественно).

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6311/158 … 4_orig.jpg

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 2_orig.gif

Сбоку видны характерные ~прямые углы, как и в бета-спирали.

2012.06.11 12:27:46

Kushelev пишет:

13323133231

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6112/158 … 7_orig.jpg

Эта конструкция напоминает складчатый бета-слой...

Анимированную картинку 1.7 Мб на Яндекс-фотки через Скай-линк загрузить не удаётся. Через GPRS тем более...

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6213/158 … 1_orig.gif

Не, всё-таки с 5-ого раза загрузилась 

2012.06.11 13:37:09

Kushelev пишет:

Любопытный повтор: 23323323 ... Интересно посмотреть на него в 3D...

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 5_orig.jpg

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … 4_orig.gif

Поворот до совмещения с соседним аминокислотным остатком происходит на 45 градусов, значит спираль имеет 8-ричную квазисимметрию.

2012.06.11 21:19:42

Kushelev пишет:

Интересные повторы 131313131313 и 31131131131. Напомню код спирали с семеричной симметрией: 331331331

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6312/158 … d_orig.jpg

311311311

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … e_orig.gif

А эту конструкцию вы уже видели в рассылке "Новости лаборатории Наномир":http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6312/158 … 7_orig.gif

313131

Оригинал: http://img-fotki.yandex.ru/get/6113/158 … f_orig.jpg

2012.06.11 22:51:33

http://www.scientific.ru/dforum/common/1336239463

Biolmol () - 06.05.2012 18:09
Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...
В ответ на http://www.scientific.ru/dforum/common/1336143121:

Регистрация на CASP10 начнется в последнюю неделю марта 2012 года. Испытания подключение к серверу ("сухого хода" для сервера предикторов) будет проводиться начиная с 16 апреля 2012 года. Первое предсказание цели будет выпущен не ранее чем через 1 мая; последнее предсказание цели будет выпущен не позднее июля 17; прогноз сезон завершится не позднее 31 июля. Уточнение эксперимент закончится не позднее 17 августа. Тезисы описания методов испытания в CASP10 будут собраны в сентябре. В то же время мы откроем регистрацию на встречу. В программе встречи будут доступны в ноябре. Встреча состоится 9-12 декабря, и примерно за месяц до этой группы с наиболее точные прогнозы и интересные методы получать приглашения дать переговорам.
Постарайтесь не попасть в неудобную ситуацию, как один из участников тут
http://sandywest.narod.ru/pikoteh2.html

***

pasha A - 06.05.2012 18:11
Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...
› › › в ответ на: Re: CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ... – Biolmol
Снес пост Кушелева в связи с нарушениями правил форума. Ваш коммент вынес в отдельную ветку в связи с прикольностью указанной Вами ссылки.

Кушелев: А вот и "снесённый" администратором Scientific.ru мой пост:

Molbiol () - 04.05.2012 18:52
CASP10 - международный конкурс предсказания белковых структур ...

: Стартовал CASP10.
: Участники соревнуются в точности определения структуры белка.
:
: Типовая структура (interleukin-34):

:
: Этот белок состоит из двух почти одинаковых субъединиц.
:
: Гексамер инсулина ПОДРОБНО
:
: Этот белок состоит из 6 одинаковых субъединиц. Анимация показывает динамику. Гексамер регулирует концентрацию глюкозы.
:
: А так выглядит таблица для каждого участника конкурса:
:
: В течение ближайших дней можно принять участие в конкурсе: http://predictioncenter.org/
:
: Обсудить текущие вопросы можно на форуме FORCASP:
:
: http://predictioncenter.org/forcasp/vie … 6834ef1697
:
: В частности, предложен новый стандарт для конкурса: http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/004.htm

"Как Кушелев ставил свои условия организаторам конкурса CASP и CAFASP"

2012.06.11 23:10:20

Вот текст, на который дал "прикольную" ссылку Trilobit, что так понравилось админу Scientific.ru: http://sandywest.narod.ru/pikoteh2.html

Кушелев: Битые ссылки я подправил...

Цитата:

Как Кушелев ставил свои условия организаторам конкурса CASP и CAFASP.

Кушелев:

Я принимал участие в разных конкурсах. Некоторые были честными, некоторые - надуваловка. Это относится не только к России.

Надуть Вас могут и на международном конкурсе. Вот конкретный пример. Международный конкурс CASP и CAFASP. На этом конкурсе нужно определить структуры приблизительно 40 белковых молекул по аминокислотной последовательности.

Я сообщил руководству этого конкурса, что информация о структуре белка содержится не в аминокислотной последовательности самого белка, а в нуклеотидной последовательности кодирующий белок информационной РНК.

Кому интересно узнать структуру белка по коду, а вручную считать утомительно, предлагаем воспользоваться нашей компьютерной программой. Программа написана на стандартном Паскале и позволяет преобразовать генетический код белка в композиционный код его структуры, согласно нашей таблице.

То есть Кушелев попросил, чтобы условия конкурса изменили на более для него удобные.

Кушелев:

После этого руководитель конкурса прислал мне 40 нуклеотидных последовательностей белков, структуру которых выставили на конкурс. Конкурс длился ~2 месяца. Каждые два-три дня приходили новые коды, а решения из лаборатории Наномир выставлялись на сервер CASP. Вот копия базы данных, в которой наша лаборатория числилась под номером 33

Трагическая ошибка Кушелева. Даже по окончанию ссылки видно, что это база данных CAFASP а вовсе не CASP!

Всё было хорошо до начала подведения итогов конкурса. В день подведения итогов из 33 участников неожиданно исчезло 5, в т.ч. лаборатория Наномир. Как будто мы и не участвовали в конкурсе.

А ведь так и есть! Кушелев хотел участвовать в конкурсе с другими условиями, но коварные организаторы не подчинились Кушелеву!
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалён из CAFASP.

Кушелев:

Когда я поинтересовался, в чём дело, организатор сообщил, что по техническим причинам не может поставить данные, полученные от лаборатории Наномир на сервер.

Заметим, что по условиям конкурса организаторы и не должны были этого делать! Программа-участник должна была САМА отправить результат на сервер организаторов в требуемом формате.

Кушелев:- Но они же там уже были! - возразил я. На это мне уже ничего не ответили... Вот копия этой переписки:

Переписка на английском
Это прямая ложъ.
Кушелеву сообщили, что необходимо ознакомиться с условиями конкурса, где недвусмысленно напечатано:
Если прогноз не будет принят CASP, а сервер разработчик не сможет исправить файл, затем этот прогноз будет удалена из CAFASP.
Организатор конкурса Leszek просто из сил выбивался, чтобы помочь Кушелеву.
Leszek: У вас есть проблема в том, что есть некоторые технические требования к участию.
Мы не можем запустить все методы сами (я хочу найти время, чтобы сделать это).
Вот почему CAFASP будет сосредоточено только на серверах, которые дадут ответ на автоматизированный запрос посланный нами. Мы хотели бы отправить только аминокислотную последовательность, потому что мы считаем, что структура зависит от этого, а не только на основной последовательности ДНК, но мы могли бы попытаться сделать исключение (не обещаю). Но для этого нужно сервер, чтобы отправить нам ответ в автоматическом режиме.
Проверьте объявление CAFASP и оценка правил (http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2/evalr.html)
Пожалуйста, прочтите инструкции (!!!): http://www.cs.bgu.ac.il/ ~ dfischer/CAFASP2 / announce3.html (прилагается), формат CASP описано в: http://predictioncenter.llnl. gov/casp4/doc / casp4-format.html (прилагается).
CAFASP это особая дисциплина для серверов. Подводя итоги: вы можете настроить сервер для метода? С наилучшими пожеланиями,Leszek
Но Кушелев решил бороться до конца с правилами конкурса и с его организаторами:

Кушелев: -Мы готовы разместить сервер в вашем распоряжении, но ДНК-последовательность является необходимой в качестве вклада. Не будете ли Вы столь любезны дать нам образец входные данные с ДНК-последовательности, и мы подготовим программу в соответствии с ним на сервере. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

-Я хотел бы использовать только формат PDB.

-Я считаю, что стандартные вторичные структуры это неправильно, так Я и послал вам только PDB.

-Мы не сделали сервер по техническим причинам, поэтому мы можем принять участие в CAFASP только через электронную почту.

Leszek: Но Вы, наверное, хотите, чтобы ваши предсказания были оценены как-то?
Но ваши результаты не будут оценены, если вы не представите CASP формат прогнозов.

Кушелев : Уважаемый сэр, я не нашел CASP Идентификационный номер нашего сервера. Так что я не знаю, если наши результаты были приняты во внимание. Не будете ли вы так добры, сообщите мне, что этим вопросом. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев.

Leszek:Я не смог найти любую CASP отформатированные файлы с вашего сервера. С наилучшими пожеланиями.

Кушелев : Уважаемый сэр, мы направили наши результаты в формате CASP но они были отклонены. Таким образом, мы направили наши результаты только вам. Мы поняли вас, что вы включите наши результаты в базу данных под номером 33 (они находятся в базе данных CAFASP). Буду весьма признателен, если вы проясните ситуацию.

Ничего себе, несчастный Leszek оказывается должен переформатировать результаты Кушелева в нужный формат и разместить врукопашную на сервере!!!
Вообще-то это обязанность конкурсантов!

Кушелев: Уважаемый сэр, мы предсказывали 3D структуру объектов в формат PDB. Как я понял, вы лично вложили результаты в базе CAFASP данные под номером 33.
Я высоко ценю вашу волю, чтобы помочь нам.

Это Кушелев так издевается над одним из организаторов конкурса!

Это для нас очень важно знать, как работает наша программа. С наилучшими пожеланиями А. Кушелев

Напомним, оценке подвергалась вторичная структура!!! И наконец контрольный выстрел в голову Leszek.

Leszek: Вы думаете, 3D структуры или вторичная структура?

Кушелев: 3D-структуры только!

Было бы занятно посмотреть, каково было выражение лица Leszek, когда он прочитал это сообщение. И какие слова он произнёс.

Кушелев: На следующий год в лабораторию Наномир снова пришло приглашение участвовать в конкурсе CASP. Я ответил, что мы будем участвовать при условии, что будут опубликованы наши результаты предыдущего конкурса, где эксперты объяснят, куда делись наши данные. После этого организаторы CASP больше не беспокоят лабораторию Наномир.
И правильно.
А то придётся ещё программу за Кушелева доделывать и на первое место продвигать! А уж объяснить Кушелеву в чём его ошибки может и жизни не хватить.

© 2009 "Офигеология без границ"

Конец цитаты.

Кушелев: Переписка с организатором CASP

Подведём итог. Организаторы CASP за 14 лет не обратили внимание на открытие композиционного кода. Все эти годы десятки конкурсантов "бились саблями", когда рядом "лежал пулемёт" 

Они и сегодня уничтожают любую информацию о пикотехнологии на форуме ForCASP 

Какова же их цель? Зачем десятилетиями биться (и бить десятки исследовательских групп!) головой об стену, когда проблема давно решена?

2012.06.12 01:21:04

А.Ю., зачем сотрясать зря воздух? Принимая участие в конкурсе нужно делать всё самостоятельно: находить нуклеотидные последовательности для задач конкурса (что совсем не сложно), убирать клеш из декодированных структурных шаблонов белков (минимизировать их по энергии системы), загружать pdb. файлы белков на сайте конкурса и др.
Например, Вы с клешем справились? Если да, то Ваши модели я загружу на конкурс. Если нет, то изучайте матчасть .

Кушелев: При чём тут вообще конкурс? Десятки исследовательских групп десятками лет толкут воду в ступе, когда у них под носом развивается пикотехнология. Это значит, что к науке деятельность всех этих "учёных" не имеет отношения.

Что касается подготовки данных на конкурс, то я этим занимаюсь по мере возможности. Сегодня начинаю делать PDB-файлы белков от 691. Что касается клиринга, то попробуем. Хотя по большому счёту это - пустая трата времени.

Оценивать точность пикотехнологических моделей будут (если вообще будут) по ошибочным гипотезам, поэтому призовое место займёт не тот, кто даст более точные к реальности данные, а тот, кто даст данные, максимально близкие к ошибочным, но официальным представлениям. Победа в таком конкурсе - позор для исследователя 

2012.06.12 12:31:55

Пикотехнологические модели конкурсных белков с 691 по 708 (по два вида)

(смотреть через зеркало)

• Кушелев и CASP,
• пикософт,
• пикотех,
• пикомодели белка,