ЧТО ОЗНАЧАЕТ НОТНАЯ ЗАПИСЬ В ПРАВОЙ ЧАСТИ ДИАГРАММЫ ПИКОТЕХНОЛОГИИ?
У каждой аминокислоты есть радикал, который "отзванивает" ноту на частоте, которую я рассчитал по формуле пружинного и математического маятников
Формула эта имеет вид: f = sqrt(1/(Sum(ml))), где
f - частота
m - масса атома в радикале
l - Расстояние атома до точки закрепления радикала
Суммируются произведения масс на расстояние до точки закрпления для одного радикала. Из обратной величины извлекается квадратный корень.
Понятно, что это - грубая оценка резонансных частот, поэтому они многократно уточнялись, в частности, по гармоничности мелодий, звучащих в зонах активных центров белковых молекул. Эта работа ещё далека до завершения. Очевидно, что в частотах есть ошибки. Поэтому встречаются "фальшивые нотки"
2017.12.18 22:28:37
Профессиональный музыкант не на шутку решил создать музыкальное произведение на основе этой музыки сборки белковой молекулы:
[19:54:16] Кушелев Александр Юрьевич: Там на всё смотрят. А я даже по звуку могу определить, где активные центры белка находятся
[19:54:27] Andrei: звуку чего?
[19:54:34] Кушелев Александр Юрьевич: По звуку сборки белка
[19:55:22] Andrei: откуда звук?
[19:55:36] Кушелев Александр Юрьевич: Аминокислоты при установке в белковую цепь отзванивают на своих частотах. Можете послушать звучание сборки активного центра белка коллагена:
[19:56:18] Andrei: а на бояне кто там играет?
[19:56:23] Andrei: тоже белок?
[19:56:46] Кушелев Александр Юрьевич: Это моя аранжировка
[19:57:02] Andrei: так и не понял откуда частота взялась
[19:57:13] Кушелев Александр Юрьевич: Программа Пикотех выдаёт музыку в стандарте MIDI
[19:57:19] Andrei: аа
[19:57:50] Кушелев Александр Юрьевич: Частота рассчитывается по формуле Томсона для математического и пружинного маятников. По длине радикалов аминокислотных остатков
[19:57:58] Andrei: интересно
[19:58:08] Andrei: вот это может сработать
[19:58:24] Кушелев Александр Юрьевич: На эту тему была снята ТВ-передача "Музыка молекул" в 1992-ом году
[19:58:39] Кушелев Александр Юрьевич: Там ного чего уже сработало
[19:59:44] Кушелев Александр Юрьевич: Например, в 2015-ом году вышла статья физиков из Германии, где они "нащупали" с помощью АСМ (атомного силового микроскопа) кольцевые грани атомов: http://nanoworld88.narod.ru/data/493.htm
[20:00:15] Кушелев Александр Юрьевич: Это - экспериментальное подтверждение результатов моих модельных экспериментов.
[20:01:12] Кушелев Александр Юрьевич: Ну и не забывайте, что учебные пособия с пикотехнологическими моделями молекул и кристаллов уже изучают в школах России с 2004 года: http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm
2017.04/08 11:25:28
Музыка добелкового мира. Музыка добелкового мира. 50 000 000 000 000 лет назад
50 триллионов лет назад по биологическим часам...
Музыка ДНК ещё не определена, а кто-то уже продаёт "ДНК-шкатулки": https://www.youtube.com/watch?v=8PmimfEYz3g
А что на самом деле представляет собой музыка ДНК/РНК?
Понятно, что при сборке белковых молекул отзванивают радикалы аминокислот. Но при добавлении нуклеотидов тоже звучит музыка в том же гиперзвуковом диапазоне. Давайте попробуем рассчитать частоты собственных колебаний нуклеотидов по той же формуле Томсона, по которой в 1993-ем году мне удалось рассчитать относительные частоты аминокислотных радикалов.
Формула: Частота равна обратной величине квадратного корня
из суммы произведений массы каждого атома на его расстояние
до точки закрепления.
Здесь данные и расчет резонансных частот аминокислот
Давайте по той же методике рассчитаем частоты для нуклеотидов ДНК/РНК
ACGT - 4 нуклеотида ДНК и столько же нуклеотидов РНК. Массы нуклеотидов ДНК и РНК разные, следовательно нот может получиться 8. Но это только основных нот. Ведь в ДНК/РНК встречаются и другие нуклеотиды:
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/228.htm
Для начала сделаем упрощённый расчёт. Дело в том, что нуклеотиды состоят из одного атома фосфора, большого количество атомов углерода и небольшого количества атомов азота.
Атомная масса
H 1
C 12
N 14
P 31
Атом фосфора фактически является точкой стыковки нуклеода, поэтому его масса мало влияет на частоту собственных колебаний. Больше всего влияет масса азотистого основания. Именно азотистыми основаниями главным образом и отличаются нуклеотиды друг от друга. Дополнительная OH-группа в РНК понижает частоту. Интересно, на сколько? С этого момента интересно начать оценку относительных частот нуклеотидов.
Для ДНК масса А складывается из 17 углеродоподобных атомов, а для РНК - из 18. 18/17=1.06 (округлённо). До 3 знака это отношение совпадает с музыкальным полутоном! А это значит, что нуклеотиды РНК "звучат" но пол тона ниже, чем нуклеотиды ДНК.
Теперь давайте разберёмся с относительными частотами ACGT.
Для ДНК:
10 атомов аденина + 7 атомов дезоксирибозы = 17
8 атомов цитозина + 7 атомов дезоксирибозы = 15
11 атомов гуанина + 7 атомов дезоксирибозы = 18
8 атомов тимидина + 7 атомов дезоксирибозы = 15
Для РНК:
10 атомов аденина + 8 атомов рибозы = 18
8 атомов цитозина + 8 атомов рибозы = 16
11 атомов гуанина + 8 атомов рибозы = 19
8 атомов урацила + 8 атомов рибозы = 16
Музыкальный ряд получается из 5 нот:
15
16
17
18
19
Эти ноты лежат на шкале частот примерно на октаву ниже, чем ноты аминокислот. Более точное взаимное отношение нот белкового и добелкового миров ещё предстоит рассчитать...
Так может звучать типовой процесс сборки фрагмента ДНК. Процесс транскрипции звучит на полтона ниже.
ФУНДАМЕНТАЛЬНАЯ ПРОБЛЕМА ДОБЕЛКОВОГО МИРА
Алгоритм композиционного кодирования осуществляет рибосома. По этому алгоритму, в основе которого лежит таблица композиционного кода, строятся белки.
А как существовал добелковый мир, когда рибосомы ещё не было?
Моделирование ДНК/РНК показало, что их структуры тоже можно было бы собирать по таблице композиционных углов, но в добелковом мире существовали лишь частные технологии сборки конкретных классов структур с помощью РНК-ферментов.
Отсутствие композиционного кода в добелковом мире - фундаментальная проблема, которая была решена созданием рибосомы.
Возможно ли существование проторибосомы, которая может собирать тРНК по композиционному коду? Конечно, универсальной проторибосомы не существует, иначе её давно открыли бы молекулярные биологи. Но может существовать добелковый прототип рибосомы, который по существу является наиболее продвинутым ферментом, формирующим третичную структуру РНК.
http://www.nanonewsnet.ru/articles/2010/chto-obshchego-u-cheloveka-s-drozhzhami
2017. 04 13 21:01:26
По нотам 40-ой симфонии Моцарта нашлась ... треугольная спираль!
IN(L,D)NINNINNV
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
http://molbiol.ru/scripts/01_12.html
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/11 … ZFCTC45013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1103666979
CRG93487
>ENA|CRG93487|complement23940 nucleotides
Музыка сборки этого фрагмента (10 нот) совпадают с началом 40-ой симфонии Моцарта.
2017.-4.14 22:12:01
Треугольная спираль строится под другую музыку
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/14 … ZJ2D64R013
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/146261281
>ENA|ABQ14899|6861 nucleotides
2017.04.11 09:16:03
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 062
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
diprospan пишет:
для начала нужен опрос тех кто профессионально работает с протеинами,
что именно может там им дать для работы такая примочка как мелодии.
они ведь специалисты не в музыке, и наверное вообще в ней не понимают,
точно как и музыканты ничего не соображают в протеиновых структурах. )
поэтому скорее всего такое скрещивание жанров избыточно и искусственно.
умножение сущностей без необходимости.
Кушелев: Прослушивание музыки сборки белков помогает на слух определить расположение активных центров. Понятно, что это нужно не всем, но тем, кто исследует активные центры белковых молекул это пригодится. И для этого не нужно быть музыкантом. Кстати, даже если Вы не можете на слух отличить гармоничные сочетания нот от дисгармоничных, то всегда же можно обратиться к специалистам
2017.03.21 19:15:52
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 453
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева
Таблица композиционного и музыкального генетического кода.
Так выглядит тест программы Picotech:
По существу это - таблица композиционного и музыкального генетического кода.
2017.04.08 21:19:37
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 004
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева
Complement-reverse-midi-converter
Кушелев: Пока программа Complement-reverse-midi-converter ещё не написана, я решил вручную записать комплементарные ноты для простых музыкальных произведений.
Первое произведение предложил музыкант-профессионал. Оно называется "В лесу родилась ёлочка".
Комплементарные ноты, которые получены из первой фразы этого произведения.
Исполняет профессионал
Копия на фейсбуке: https://www.facebook.com/10000455610133 … 252110972/
2017.04.08 21:50:54
Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева
Complement-reverse-midi-converter
Комплементарное преобразование нот может сделать ... зеркало!
2017.30 03 15:11:08
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 697
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
22 ноты Лунной Сонаты звучат больше миллиарда лет!
22 ноты Лунной сонаты (отмечены красным) звучат в гиперзвуковом диапазоне в процессе сборки белковой молекулы EIK81335 более 1 000 000 000 лет!
Схема вторичной структуры в новом стандарте.
Как выяснилось, под музыку Лунной сонаты строится программная 123-спираль Кушелева.
Полностью схема вторичной структуры: https://img-fotki.yandex.ru/get/195648/ … d_orig.png
Этот фрагмент белка
Строится под музыку из Лунной сонаты.
Найдите 123-спираль в более крупном фрагменте белка.
123-спираль Кушелева, которая строится под музыку Лунной сонаты.
2017.03 21 03:20:17
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 426
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Кушелев: Обнаружена корреляция между первичной, вторичной и музыкальной структурами белка коллагена.
Первичная структура: Каждый третий - Gly
Вторичная структура: Каждый третий -"5", два других "3"
Музыкальная структура: Каждый третий - сильная доля.
Обратите внимание, что вторичная структура сдвинута относительно первичной на один аминокислотный остаток. Интересно, какой в этом смысл?
2017.03 20 21:46:05
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 411
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Кушелев: Обнаружена сверхдлинная бета-спираль белка. Структура известная, но я раньше не встречал длиннее 6 аминокислотных остатков. А здесь мы видим бета-спираль длиной 52-6+1=47 аминокислотных остатков.
2017.03.20 20:56:49
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 408
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева
Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток
Кушелев: Посмотрим, как будет выглядеть 3D модель белковой молекулы с Q-спиралью длиной 100 аминокислотных остатков (c 14 по 114).
Это её 2D-структура и ноты сборки:
2017.03.20 12:16:43
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 393
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева
В базе данных обнаружен музыкальный белок!
Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток
Кушелев: Я вспомнил, где я слышал эту "трель" музыкального белка QHQHQHQHQHQ!
Это древний африканский танец, изображающий инопланетного геодезиста.
https://www.youtube.com/watch?v=vE5Y0n2FFfg
Вот он, этот танец "шамана дождя". Только музыка с "трелью" QHQHQHQHQ
https://www.youtube.com/watch?v=WX0H85tj1yU
A dancing man on a stick - amazing african tribal dance - Zaouli Dance
Нашлась и более сложная мелодия: https://www.youtube.com/watch?v=p6OKy9u5_V8
Давайте попробуем разобраться, зачем нужен сигнал типа QHQHQHQHQ ?
Сигнал QHQHQHQHQ записан в середине музыки сборки белка: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text
Музыка QHQHQHQHQ звучит во время сборки Q-спирали:
C 15 по 46 строку.
При вращении Q-спирали белка соседние аминокислотные остатки будут звучать "трелью", т.е. как в процессе сборки, т.е. "по нотам". Правда, скорость проигрывания будет зависеть от угловой скорости вращения белковой молекулы. Гиперзвук с переходом на полутон туда и обратно может вызывать периодическое изменения вектора силы гиперзвукового давления на объект воздействия, т.е. на другое химическое соединение. Если этот объект обладает резонансными свойствами, то он будет раскачиваться. Через несколько периодов колебаний объект может раскачаться до пороговой амплитуды, после чего он может передать энергию, например, для химической реакции превращения АДФ (ADP) в АТФ (ATP). Это позволяет субклеточному организму питаться тепловой энергией. Конечно, фотосинтез даёт больше энергии, но не помогает выжить в темноте...
А зачем такой сигнал ("трель" на двух соседних нотах) могла понадобиться инопланетянам, которых копируют африканские шаманы дождя?
Вероятно, речь идёт об аналогичном воздействии на резонансную систему или о сигнале, который управляет электромагнитным двигателем, раскачивающим некий объект в резонанс.
Вчера 08:33:22
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 384
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева
Q-спираль (спираль Кушелева) ~12 аминокислотных остатков на виток
В базе данных обнаружен музыкальный белок!
http://www.uniprot.org/uniprot/K8WKA3
MLVFYTALFF ISNQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ
HQHQHQHQHQ HQHQHQHQHQ HQHQHLSIFI KNIKTNSKPY
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKT5 … splay=text
FT CDS 1..273
gtgcttgtat tctatacagc actgtttttt atatctaatc aacaccaaca ccaacaccaa 60
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 120
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 180
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacacctctc tatatttata 240
aaaaatatta aaaccaattc aaaaccatat tga 273
//
K8WKA3
http://www.uniprot.org/uniprot/A0A0M3DL93
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KKY0 … splay=text
FT CDS 1..252
SQ Sequence 252 BP; 114 A; 52 C; 78 G; 8 T; 0 other;
gtgcagcatc agcatcagca tcagcatcag catcagcatc agcagcagaa gcagaagcag 60
cagaagcagc agaagcagca gaagcagaag cagcagcaga agaagcagaa gaagaagcag 120
aagcagcaga agcagcagaa aaagcagaag cagaagcagc agaagcagca gaagcagcag 180
aagcagaagc agaagcagca gaagcagaag cagaagcaga agcagcagaa gcagaagcag 240
aagcagaagt ag 252
//
A0A0M3DL93
http://www.uniprot.org/uniprot/L1IC08
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EKX3 … splay=text
/translation="MALGFESSGRMRQGASKQHKHKHKHKHKHKHKHKHKHQQHQHQHQ
FT HQHQHQHQHHQHQHHQHQHHQHQQHQHQHQHHQHHHQHHQHQSLTSFSPPSTPKESVQS
FT LVIAGIIDG"
FT CDS 1..342
atggcgctgg gatttgagag ttcaggcagg atgagacagg gtgcaagcaa gcagcacaag 60
cacaagcaca agcacaagca caagcacaag cacaagcaca agcacaagca ccagcagcac 120
cagcaccagc accagcacca gcaccagcac cagcaccagc accaccagca ccagcaccac 180
cagcaccagc accaccagca ccagcagcac cagcaccagc accagcacca ccagcaccac 240
caccagcacc accagcacca gtctctcaca agtttctcgc caccttcaac ccccaaggaa 300
tctgtccaat cgcttgtcat cgcaggcatc atagacggct ag 342
//
L1IC08
http://www.uniprot.org/uniprot/M0MBB4
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EMA4 … splay=text
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/KZT5 … splay=text
KZT59633
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFE5 … splay=text
FT /translation="MLVFYTALFFISGQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQH
FT QHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQHQ
FT HQHQHQHQHQYISKLLM"
FT CDS 1..366
gtgcttgtat tttatacagc actgtttttt atttctggtc aacaccaaca ccaacaccaa 60
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 120
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 180
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 240
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa 300
caccaacacc aacaccaaca ccaacaccaa caccaacacc aatatatttc taaactctta 360
atgtaa 366
//
EFE54881
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/JAB8 … splay=text
FT /translation="AASTLLGVSETAITNTTTSSTGRTFITPADIPPPPPHPPNTIGRK
FT RFLGTSKSVEERTTRDGGSGGGGGGRCQCEHPIEFVGQQHQHQHQHQHQHQQPLTQPSQ
FT SSLQQAHQSYGSHHSVYLPTQSSLQQQQQ"
FT CDS 1..399
gcagcatcta cgctgcttgg tgtcagtgaa accgccatta ccaacacaac cacctccagc 60
accggtcgca ccttcatcac gcccgctgac ataccaccgc caccaccaca tccgcccaac 120
accatcggac gcaaacgctt tctgggcacc agcaagagtg tggaagagcg tacgacgcgt 180
gatggtggca gtggcggtgg cggtggcgga cgttgtcagt gtgaacatcc gattgagttt 240
gtgggccaac aacaccaaca ccagcaccag caccaacatc aacatcaaca gccgttaaca 300
cagccgtctc agtccagttt gcagcaggca catcagtcat atggtagtca tcacagtgtt 360
tacctaccaa cacaatcgtc actgcaacaa caacagcag 399
//
JAB88352
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EER3 … splay=text
FT /translation="MSSSSSSNSGSSRFRSDAASFSPGQYPNYIPQQFPPHQYMPPMHP
FT QQPIYYQYPNYPIMVNQIYGGVYTHGYMQENFFPPQQQQQQQQQHFMIPQHQQPYMTNN
FT YQHQHQHQHQHQHQHQHHPPKSLKIANHQK"
FT CDS 1..405
atgtcatcgt catcttcttc aaattcagga tctctgcgct ttcgtagtga cgcagccagt 60
ttctcaccgg gtcagtatcc caattacatc ccacaacaat ttcctcctca tcaatacatg 120
ccaccaatgc atccgcaaca accaatatat tatcaatacc caaattaccc tattatggtg 180
aatcagatct atggtggagt gtatacacat ggatacatgc aagaaaactt ttttcctcca 240
caacaacaac agcagcaaca acaacaacat tttatgattc cacaacatca acaaccatat 300
atgactaata attaccaaca ccagcaccag caccaacatc agcatcagca tcagcatcag 360
caccatcctc caaaaagttt aaaaatagca aaccaccaaa agtag 405
//
EER34206
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/CDJ3 … splay=text
FT /translation="MIENWTAAAAAPAPAAAPAAPAPAAAAPAPAAPAPAPAPAAPAAA
FT AAAAAAAAQHQQQQQQQQLQQQPHHHHQQQHQHHHHQQQQQQHQHQQHQHQHQQQQHQH
FT QHQHQHQHQQHQQQHQHQQQQQQQQQQQQQQQQQQYTY"
FT CDS 1..429
atgatagaga attggacagc agcagcagca gcaccagcac cagcagcagc accagcagca 60
ccagcaccag cagcagcagc accagcacca gcagcaccag caccagcacc agcaccagca 120
gcaccagcag cagcagcagc agcagcagca gcagcagctc agcatcagca gcagcagcag 180
cagcagcaac tgcagcagca gccgcatcat catcatcagc agcagcatca gcatcatcat 240
catcagcagc agcaacagca gcaccagcac cagcagcacc agcaccagca ccagcagcaa 300
cagcaccaac accagcacca gcaccagcac cagcaccagc agcaccagca gcagcaccag 360
caccagcagc agcagcagca gcagcaacag cagcagcagc agcagcagca gcagcagtat 420
acatactag 429
//
CDJ31753
http://www.uniprot.org/uniprot/E9DFU9
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/EFW1 … splay=text
FT /translation="MNQPPIPYPQPFPQQLPAASNPPGYHPIHLQHQHQHHQQHQHQQH
FT QQPQQHQQHQQHQQPQHIAPQPVQSMSFYPNPNLYAQETLPPQIHQQHQPQQQHQHQHQ
FT HQHQHQQPPQPQPQQPQQQQHPFPHVVGAVPPHAGVGGAMMMSPAPLPHHASAN"
FT CDS 1..474
atgaaccaac caccgatccc ctacccacag cccttccccc agcagttgcc cgccgcttca 60
aatcctcccg gctatcatcc cattcacctc caacaccagc atcagcacca ccagcagcac 120
cagcatcagc agcatcaaca gcctcaacag catcaacagc atcaacagca tcaacagcct 180
cagcacatcg ccccgcagcc tgttcagtcg atgtccttct acccgaaccc caacctgtac 240
gcccaggaga ccctcccgcc ccagatccac cagcagcacc agccgcaaca acagcaccag 300
caccagcacc agcaccagca ccagcaccag caaccacctc aaccgcaacc tcagcagcct 360
cagcagcagc aacatccctt cccgcatgtc gtcggtgctg ttccaccaca tgccggcgtg 420
ggtggagcca tgatgatgtc cccggcgccg ctaccccatc atgcgtctgc taat 474
//
E9DFU9
http://www.uniprot.org/uniprot/C6SW03
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/ACU1 … splay=text
C6SW03
2017.03.19 19:11:29
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 86 371
Готовится 596-ой выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"
http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews
Дайджест:
596 Научная сенсация в молекулярной билологии: Открыта новая вторичная структура белка!
Каменные супермагнетроны богов
Петиция о господдержке лаборатории Наномир набирает силу...
Файл с опцией "complement" программа Евгения Неделько отрабатывает правильно, судя по сохранённому файлу MIDI, ноты из которого мы видим здесь:
2017.03.19 13:52:53
Дело в том, что стоп-кодоны в программе Евгения Неделько преобразуются в ноты под номером 115, которые в программе MuseScore отображаются красным цветом (за пределом диапазона). Если таких нот мы не видим, значит стоп-кодонов во входной нуклеотидной последовательности не встречается.
Однако этот файл соответствует белку, содержащему QHDQHDQHDQHD-участки (трезвучия "соль-ля-си-"), а не Q-спираль (QHQHQHQ-трель из 2 нот).
2017.03.19 14:21:01
А программа HyperChem строит по ENT (PDB) такую модель:
2017.03.07 16:54:34
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 994
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
В темпе коллагена
Ноты, которым больше миллиарда лет!
Музыка сборки коллагена P20908
2017.03.06 23:30:24
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 961
Готовится 593-ий выпуск рассылки "Новости лаборатории Наномир"
http://subscribe.ru/catalog/science.news.nanoworldnews
Дайджест:
593 Стратегическая инициатива России на Глобальной Волне
Я угадаю "плагиат" Шуберта с 7 нот!
Ищем гены по ... нотам!
Виртуальные "кирпичи" для музыкального плагина программы "Пикотех"
В темпе коллагена
2017.03.04 08:22:14
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 868
Музыку сборки активного центра белка коллагена можно сыграть, например, нажимая последовательно ноты соль (красный) и дважды ми (зеленый). Вместе с ми одновременно могут звучать до и соль, т.е. трезвучие, образуя типичный аккомпанемент в темпе коллагена (вальса).
В большинстве вальсов нижняя нота чередуется, т.е. после двойного нажатия аккрода нажимается, например, соль, а в следующий раз до.
2017.03.05 22:16:42
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 924
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
В темпе коллагена
Кушелев: Профессионал сразу нашёл ноты, которые ни я, ни участники форума лаборатории Наномир найти не смогли.
Вот они, ноты из "Сказок Венского леса" Штрауса!
Но и ему не удалось найти эти ноты здесь: http://www.notarhiv.ru/zarubkomp/shtrau … 20(47).pdf
Кушелев: В чём же дело?
Михаил: А их там просто нет.
Кушелев: Как же так? Это же ноты тех же самых "Сказок Венского леса"!
Михаил: "Федот, да не тот"
Кушелев: А что, бывают разные "Сказки Венского леса"?
Михаил: Бывают разные ноты. В интернете ты нашёл упрощённый вариант.
Кушелев: Понятно. А я уже подумал, что ничего не понимаю в нотах и музыке...
Михаил: Ты просто нашёл упрощённый вариант произведения Штрауса, где этих нот просто нет.
Кушелев: Да, здесь нижняя нота повторяется, как в собачьем вальсе. Это - в чистом виде музыка сборки активного центра коллагена!
Михаил: Вариант аккомпанемента без чередования практически не используется даже у классиков. Это примитивный, устаревший вариант.
Кушелев: Это и понятно. Ведь коллагену больше миллиарда лет!
Михаил: Скока скока?
Кушелев: Больше миллиарда.
Михаил: Тогда понятно, почем нет чередования.
Кушелев: Да, в новом миллиардлетии вместо одной нижней ноты положено играть две. Например, ми-ля-ми-ля.
Здесь, кстати, два раза подряд повторяется музыка сборки активного центра белка коллагена.
Михаил: Кстати, это не "Сказки Венского леса" Штрауса, а "Щелкунчик" Чайковского.
Вальс цветов.
Кушелев: -А где "Сказки Венского леса"?
Михаил: Вот они. Здесь тоже нет чередования. Правда музыка сборки активного центра белка коллагена не повторяется дважды, как у Чайковского.
Кушелев: Это понятно. Чайковский же позже Штрауса писал, вот и удвоил
А почему в Internet этих нот нет?
Михаил: Потому что в инет выложили упрощённые ноты Штрауса. Сократили раза в полтора...
2017.03.07 16:53:04
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 994
Пикотехнология белков, ДНК, РНК - 2
В темпе коллагена
Ноты, которым больше миллиарда лет!
Музыка сборки коллагена P20908
2017.03.03 20:29:44
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 85 857
Ищем гены по ... нотам!
Мишка Коробков пишет:
меня просто в очередной раз возмутила гиперболизированная фантазия мало относящаяся к практической реальности
Кушелев: А Вы в курсе, что на ДНК уже записали первые музыкальные произведения? Но записали не в натуральном виде, а в виде искусственного кода.
А в лаборатории Наномир создан конвертер "Генетический код - музыка в стандарте MIDI". Кстати, очень практичная система для обнаружения активных центров белковых молекул. Аминокислотные остатки в зонах активных центров образуют гармоничные сочетания, которые легко заметить, прослушивая музыку белковых молекул. Программу-конвертер можно скачать бесплатно из энциклопедии Наноми
2017.03.03 20:45:32
Мишка Коробков пишет:
как вы переводите код белка в нотную запись - какой алгоритм
Кушелев: У аминокислот разные радикалы. Я рассчитал их относительные собственные частоты колебаний по формуле, объединяющей формулу математического и пружинного маятников. Данные расчёта размещены в таблице:
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/212.htm
Алгоритм формирует звуковой файл в стандарте MIDI по табличной функции
2017.03.03 20:49:39
Мишка Коробков пишет:
откуда вы взяли именно такую длительность коллагеновых 6 нот? и почему там нет пауз?
Кушелев: Рибосома работает на тактовой частоте, поэтому я формирую одинаковые длительности для всех нот и пауз (отсутствующий радикал глицина не звучит). Но в свете новой информации о быстрых и медленных кодонах, а так же в связи с новой гипотезой о полифонических радикалах, нужно будет пересмотреть и уточнить как таблицу, так и длительности.
Сегодня 14:39:34
Формы, механизмы, энергия наномира. Сообщение 87 569
Письмо Дидье Маруани / Didier Marouani от Кушелева
Невозможная музыка белков
Кушелев: Профессиональный музыкант и преподаватель взялся сделать аранжировку для музыки белков с размером 14/4