*
Модель 2012 года, версия 4 var
http://molbiol.ru/forums/index.php?show … &st=50
А размеры Вы можете привести? Например, у дырки какие? И, например, у всего коннексона в поперечине?
Кушелев: Давайте вместе посчитаем. Шаг альфа-спирали известен - 0,54 нм
Считаем число витков, и умножаем на 0.54 нм
Если я не ошибся, то внизу получилась масштабная линейка с шагом 0.54 нм. Считаем габаритный размер и размер отверстия. Габаритный размер 0.54*22=~12нм. Это грубая оценка. Если нужно, то можно вывести точный мастшаб в 3DS Max smile.gif Диаметр отверстия 0.54*(6...7)=~3...4 нм
В этом ракурсе видно, что соседние коннексины должны входить в зацепление и двигаться до внешнего изгиба альфа-спирали соседнего коннексина. Четвертичную структуру удобнее собирать из 3D-распечаток субъединиц. В виртуальном пространстве сборку четвертичной структуры делать значительно сложнее. Хотя, если есть суперкомпьютер, специальные программы, шлем, перчатки, то может быть удобнее будет именно в виртуальном пространстве...
Вот тут-то и проблемка...
По РСА размер самой узкой части отверстия 1,4 нм, ошибка больше, чем в два раза. А это самая важная характеристика, связанная с пропускной способностью контакта. И точность РСА Вас тут уже не спасет.
Кушелев: В данном случае ошибка в два раза - вполне нормально. Я просто ошибся при сборке четвертичной структуры. Если зацепить коннексины, чтобы альфа-спираль одного коннексина двигалась внутри другого, то размер отверстия как раз совпадёт. Кроме того, точные размеры можно получить не на упрощённой модели, где один аминокислотный остаток показан 14-гранником, а на более точной модели, где один электрон показан одним кольцом.
Так что не торопитесь с выводами. Сначала нужно правильно сложить субъединицы, а потом уже сравнивать
В случае зацепления коннексинов размер отверстия коннексона получается 1.5-2 нм, но нужно учитывать, что в этой модели не показаны радикалы аминокислотных остатков. А радикалы могут уменьшить диаметр отверстия на 0.5...1 нм. Так что имеет смысл построить менее упрощённую пикотехнологическую модель четвертичной структуры коннексона.
Кстати, я не понял, что означает размер Entrance diameter 35A ? Это размер отверстия при максимальном увеличении диафрагмы-коннексона?
Кушелев: Тогда получается, что отверстие не может уменьшиться до нуля, как я пытаюсь изобразить в анимации? Тогда понятно, почему альфа-спирали налезают друг на друга. Они просто не могут до такой степени сблизиться, чтобы отверстие уменьшилось до нуля.
А с выводами Вы зря торопитесь. Модель ещё не доделана. Есть только пикотехнологическая модель третичной структуры, которая построена автоматически.
И вообще, я бы сказал, что общий вид коннексона, полученного с помощью Вашей модели, совершенно не похож на реальный.
Кушелев: Все так считают?
В случае зацепления коннексинов размер отверстия коннексона получается 1.5-2 нм, но нужно учитывать, что в этой модели не показаны радикалы аминокислотных остатков. А радикалы могут уменьшить диаметр отверстия на 0.5...1 нм. Так что имеет смысл построить менее упрощённую пикотехнологическую модель четвертичной структуры коннексона.
Программа Пикотех не делает четвертичную структуру. Я же Вам объяснил, что четвертичную структуру приходится собирать вручную. При этом делать это в виртуальном пространстве 3DS Max без виртуальных перчаток, стереошлема и специальной программы очень неудобно. Поэтому с первого раза угадать четвертичную структуру коннексона не удалось. Да и со второго раза тоже, т.к. альфа-спирали налезают друг на друга. Похоже, что субъединицы должны быть несколько повёрнуты по другим осям.
Кстати, я не понял, что означает размер Entrance diameter 35A ? Это размер отверстия при максимальном увеличении диафрагмы-коннексона?
Тогда получается, что отверстие не может уменьшиться до нуля, как я пытаюсь изобразить в анимации? Тогда понятно, почему альфа-спирали налезают друг на друга. Они просто не могут до такой степени сблизиться, чтобы отверстие уменьшилось до нуля.
А с выводами Вы зря торопитесь. Модель ещё не доделана. Есть только пикотехнологическая модель третичной структуры, которая построена автоматически.
Электроны вообще не бывают в виде колец! Они ни в виде ничего, они "размазаны" по некоторой области, причем трехмерной. В инертных газах это будут не кольца, а примерно сферы с некоторой, не определяемой точно толщиной, если же атом связан с какими-то другими атомом, то там уже это какие-то фигуры сложной формы.
Приведите статью, в которой говорится, что есть ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ данные, противоречащие данной конфигурации.
Кушелев: Почему, собственно? Десятки исследователей пришли к выводу, что лептоны, в частности электроны имеют форму тора. Не знали?
Вот здесь подробнее можно узнать: http://nanoworld88.narod.ru/data/104.htm
Кольцегранные модели атомов: https://docs.google.com/document/d/1C_JL6W24jEktuwJgZocTB4R4sPyr-csg/edit