Перевести страницу

Пикотехнология вкратце

Подписаться на RSS

Популярные теги Все теги

Вращение аминокислотных остатков вокруг оси тРНК



Повороты (изломы) спиралей на пролине


Композиционный, транспозиционный и пролиновый углы















По шкале, изображенной в виде фрактального эталона, меняется значение композиционного угла.


Транспозиционный угол откладывается по шкале, которая лежит в перпендикулярной плоскости к шкале композиционных углов


Диапазоны и взаимная ориентация шкал изменения композиционного и транспозиционного углов показывают, что сборка белковой молекулы может идти почти по полному телесному углу на каждом шаге. Библиотеку готовых 3D конструкций можно взять из  геномов разных организмов.


Красная отметка (принадлежит кольцевому электрону, центр которого находится в плоскости текущей пептидной группы) совмещается с кольцевым электроном предыдущего аминокислотного остатка, центр которого находится в плоскости симметрии предыдущей пептидной группы.


После того, как очередной аминокислотных остаток добавился в модель белка, модель продвинулась, повернулась и далее поворачивается уже на транспозиционный угол, значение которого меняется по шкале из более крупных шариков.


Транспозиционный угол фиксирован в альфа-, 310- и пи-спирали, но в каждой из них принимает своё значение. В бета-спирали он может меняться, если нет периодических водородных связей между соседними бета-спиралями, образующими бета-слой. В программных спиралях он периодически меняется, т.е. достаточно определить транспозиционные углы только для одного периода программной спирали.










Открыт новый тип белковой структуры - метиониновая спираль


*

*

Метиониновая спираль


В отличие от альфа-спирали у метиониновой спирали более длинный шаг. Метиониновая спираль отличается от обычной альфа-спирали примерно как резьба с более крупным шагом от резьбы с менее крупным шагом



Вероятность замыкания дисульфидных мостиков в лизоцимах

*

*

 

Вероятность случайного совпадения результата работы геометрического алгоритма с экспериментальными данными для первых  6 участков не превышает  10^-84

Cys 95 - Cys 113 в человеческом лизоциме.
Cys 96 - Cys 117 в альтернативном человеческом лизоциме.
Cys 78 - Cys 82  в альтернативном человеческом лизоциме.
Cys 94 - Cys 98  в лизоциме куриного яйца
Met 1 - Cys 13  в мышином лизоциме
Met 1 - Cys 24  в лизоциме куриного яйца 

1. 4^-18
2. 4^-21
3. 4^-4
4. 4^-4
5. 4^-12

6. 4^-23



Фрагменты моделей белков, замкнувшихся через дисульфидные мостики в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.



https://img-fotki.yandex.ru/get/107080/158289418.3c1/0_1705b1_dc9f55fd_M.gif https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3b3/0_16f622_63ae0418_M.gif








Вероятность возврата пептидной цепи в обратном направлении

Реверсная структура, белка NP_060876.5 mucin-4 isoform a precursor [Homo sapiens]


https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_060876.5?report=fasta


Программная спираль совершает реверс в пространстве,  возвращаясь относительно выбранного направления. 


Вероятность случайного реверса такого размера белковой цепи составляет порядка 4^-900 = 10^-540








Сопоставление модельного эксперимента Пикотех и натурного эксперимента методом ядерного магнитного резонанса и кругового дихроизма

 Пикотехнологическая 3D модель антимикробного пептида PG-2 и экспериментальные данные по https://kpfu.ru/portal/docs/F485427986/Kolosova.magistr.pdf 





Пикотехнология помогает визуально обнаружить активные центры белка


Рассмотрим более внимательно структуру конкурсного белка T0691:



Обратите внимание на расположение радикалов триптофана (квадратный 3х3) и тирозина (бензольное кольцо с группой OH) на переднем плане.



На заднем плане за радикалом триптофана тоже виден какой-то радикал. Всё это напоминает типовую структуру активного центра с резонансной системой.



Материал с форума лаборатории Наномир: 


diprospan: да, и подтверждается тем, что совпадает дипольный момент:




Кушелев: Вы не могли бы дать более развёрнутый комментарий? Что за момент, с чем совпадает, откуда это видно? 



В белке T0692 тоже обнаружился любопытный фрагмент, характерный для активных центров белка... 



 Наличие цикличного участка белка T0694, вероятно, можно проверить экспериментально. 


Кушелев: И что с чем совпадает? 

diprospan: активный центр белка пожалуй лучшее ваше определение в этом векторе.

Кушелев: Вы хотите сказать, что активный центр попадает в зону максимальной напряжённости электрического поля? Такое совпадение действительно вряд ли случайно...


Поле ориентирует некую полярную молекулу, после чего её обрабатывают на триптофановой наковальне в резонансном (?) режиме



Вторичная структура фактически замыкается. Изображение получено в браузере Avogadro




Любопытная структура белка T0697. Возможно, что спираль гнется на пролинах и образует некий реберный многогранник... 



T0692, Trp467

Кушелев: Согласитесь, что таких совпадений не бывает... 



Источник