Повороты (изломы) спиралей на пролине

Композиционный, транспозиционный и пролиновый углы

По шкале, изображенной в виде фрактального эталона, меняется значение композиционного угла.

Транспозиционный угол откладывается по шкале, которая лежит в перпендикулярной плоскости к шкале композиционных углов

Диапазоны и взаимная ориентация шкал изменения композиционного и транспозиционного углов показывают, что сборка белковой молекулы может идти почти по полному телесному углу на каждом шаге. Библиотеку готовых 3D конструкций можно взять из  геномов разных организмов.

Красная отметка (принадлежит кольцевому электрону, центр которого находится в плоскости текущей пептидной группы) совмещается с кольцевым электроном предыдущего аминокислотного остатка, центр которого находится в плоскости симметрии предыдущей пептидной группы.

После того, как очередной аминокислотных остаток добавился в модель белка, модель продвинулась, повернулась и далее поворачивается уже на транспозиционный угол, значение которого меняется по шкале из более крупных шариков.

Транспозиционный угол фиксирован в альфа-, 310- и пи-спирали, но в каждой из них принимает своё значение. В бета-спирали он может меняться, если нет периодических водородных связей между соседними бета-спиралями, образующими бета-слой. В программных спиралях он периодически меняется, т.е. достаточно определить транспозиционные углы только для одного периода программной спирали.

*

*

Метиониновая спираль

В отличие от альфа-спирали у метиониновой спирали более длинный шаг. Метиониновая спираль отличается от обычной альфа-спирали примерно как резьба с более крупным шагом от резьбы с менее крупным шагом

*

*

Фрагменты моделей белков, замкнувшихся через дисульфидные мостики в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.

Реверсная структура, белка NP_060876.5 mucin-4 isoform a precursor [Homo sapiens]

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_060876.5?report=fasta. 

Программная спираль совершает реверс в пространстве,  возвращаясь относительно выбранного направления. 

Вероятность случайного реверса такого размера белковой цепи составляет порядка 4^-900 = 10^-540

Подробнее

Вероятность случайного кода этой сверх длинной спирали 10 в минус 250-й степени

​

Q-helices

Picotechnological Anisotropic Pressure Reactors

*

*

Нюансы функционирования пикомашины гексамера инсулина

Подробнее

 Пикотехнологическая 3D модель антимикробного пептида PG-2 и экспериментальные данные по https://kpfu.ru/portal/docs/F485427986/Kolosova.magistr.pdf 

Рассмотрим более внимательно структуру конкурсного белка T0691:

Обратите внимание на расположение радикалов триптофана (квадратный 3х3) и тирозина (бензольное кольцо с группой OH) на переднем плане.

На заднем плане за радикалом триптофана тоже виден какой-то радикал. Всё это напоминает типовую структуру активного центра с резонансной системой.

Материал с форума лаборатории Наномир: 

diprospan: да, и подтверждается тем, что совпадает дипольный момент:

Кушелев: Вы не могли бы дать более развёрнутый комментарий? Что за момент, с чем совпадает, откуда это видно? 

В белке T0692 тоже обнаружился любопытный фрагмент, характерный для активных центров белка... 

 Наличие цикличного участка белка T0694, вероятно, можно проверить экспериментально. 

Кушелев: И что с чем совпадает? 

diprospan: активный центр белка пожалуй лучшее ваше определение в этом векторе.

Кушелев: Вы хотите сказать, что активный центр попадает в зону максимальной напряжённости электрического поля? Такое совпадение действительно вряд ли случайно...

Поле ориентирует некую полярную молекулу, после чего её обрабатывают на триптофановой наковальне в резонансном (?) режиме

Вторичная структура фактически замыкается. Изображение получено в браузере Avogadro

Любопытная структура белка T0697. Возможно, что спираль гнется на пролинах и образует некий реберный многогранник... 

T0692, Trp467

Кушелев: Согласитесь, что таких совпадений не бывает... 

Источник