*

*

Фрагменты моделей белков, замкнувшихся через дисульфидные мостики в процессе автоматической сборки по таблице композиционного генетического кода.

Подробнее

 Пикотехнологическая 3D модель антимикробного пептида PG-2 и экспериментальные данные по https://kpfu.ru/portal/docs/F485427986/Kolosova.magistr.pdf 

Рассмотрим более внимательно структуру конкурсного белка T0691:

Обратите внимание на расположение радикалов триптофана (квадратный 3х3) и тирозина (бензольное кольцо с группой OH) на переднем плане.

На заднем плане за радикалом триптофана тоже виден какой-то радикал. Всё это напоминает типовую структуру активного центра с резонансной системой.

Материал с форума лаборатории Наномир: 

diprospan: да, и подтверждается тем, что совпадает дипольный момент:

Кушелев: Вы не могли бы дать более развёрнутый комментарий? Что за момент, с чем совпадает, откуда это видно? 

В белке T0692 тоже обнаружился любопытный фрагмент, характерный для активных центров белка... 

 Наличие цикличного участка белка T0694, вероятно, можно проверить экспериментально. 

Кушелев: И что с чем совпадает? 

diprospan: активный центр белка пожалуй лучшее ваше определение в этом векторе.

Кушелев: Вы хотите сказать, что активный центр попадает в зону максимальной напряжённости электрического поля? Такое совпадение действительно вряд ли случайно...

Поле ориентирует некую полярную молекулу, после чего её обрабатывают на триптофановой наковальне в резонансном (?) режиме

Вторичная структура фактически замыкается. Изображение получено в браузере Avogadro

Любопытная структура белка T0697. Возможно, что спираль гнется на пролинах и образует некий реберный многогранник... 

T0692, Trp467

Кушелев: Согласитесь, что таких совпадений не бывает... 

Источник

Сотовая четвертичная структура белка OLQ02947

раскрывает тайны цитоскелета 

 Symbiodinium microadriaticum.

Вот, что известно о белке, в состав которого входит эта гиперспираль: https://www.uniprot.org/uniprot/Q54KA7

Цитата: Protein: Ankyrin repeat Molecular function: guanyl-nucleotide exchange factor activity

Цитата2: actin cytoskeleton organization 

Кушелев: Автоперевод на русский: организация актинового цитоскелета

Ну что же, неплохо для начала. Цитоскелет из трёхгранных призм очень функционален. Теперь слово за структурными биологами, которые знают о структуре этого белка из "мокрых экспериментов". 

В реальном белке три слоя, причём состоящих из более тонких слоёв. Первый слой состоит из 4 более тонких. Далее происходит смещение. Под альфа-спиралями (красный) оказываются пи-спирали (голубой). Этот второй слой в свою очередь состоит из 7 более тонких. Далее происходит второе смещение. Под пи-спиралями второго слоя (голубой) оказываются 310-спирали (оранжевый). Этот третий слой состоит из трёх более тонких. В итоге каждая грань каждой треугольной призмы состоит из спиралей трёх типов. Это значит, что параметры граней являются усреднёнными параметрами трёх типов спиралей. Это обусловливает высокую стабильность геометрии. Чем-то напоминает свойство пчелиных сот. Видимо, это очень важно для цитоскелета (скелета клетки) Symbiodinium microadriaticum.