Повороты (изломы) спиралей на пролине

Как работает транспозиционный угол

Пробный заказ для Института белка делается путем распечатки на 3D принтере жестких участков для последующей сборки пластмассовой модели с учетом изгиба на остатках пролина (Pro) и метионина (Met).

В исследуемом белке - 15 жестких участков, разделенных пролинами и 12 метионинов.

Один изгиб на 377-ом Pro показан на этой анимации:

Татьяна Рясина пишет:
А а если есть аминокислотный остстаток Pro, он гнёт молекулу, это сустав. И возникает 3D структура из 2D.

Кушелев: Не просто гнёт. Белки и без Pro могут иметь "гнутую форму" и изломы. Например, альфа-спираль может "ломаться" на композиционных кодах бета-спирали или пи-спирали. И наоборот, пи-спираль может "ломаться" на композиционных кодах альфа-310-бета-спиралей.

Когда же в структуре белка присутствует Pro, то в этом месте белок может гнуться в процессе функционирования, аналогично открыванию и закрыванию дверцы шкафа, сгибанию и разгибанию руки в суставе.

Можно сделать версию программы Пикотех, которая будет показывать эту динамику:

Аминокислотный остаток Pro

Некорректное изображение Pro выделено сиреневым цветом. Это помогло мне заметить, что спираль соединена с остальной частью белка как раз через пролин! Понятно, что спираль может поворачиваться на пролине и прижаться к остальной части белка.

Согнув структуру белка на Pro62 мы можем пододвинуть His63 ещё ближе к His46 и His48. His120 тоже пододвинется к ним, если согнуть структуру белка на Pro66 и Pro74.
Таким образом все 4 гистидина окажутся рядом без изменения композиционных углов!
А вероятность такого совпадения будет 1/(3^17*3^57*3^2)=1/3^76=10^-36
Один шанс из 1 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000

К сожалению, пока гибкость белка на пролинах ещё не реализована в программе Пикотех, поэтому такие белки можно доделывать пока только вручную. Но эта работа ничтожна по сравнению с основной, которую выполняет компьютер по табличной функции.

В программе "Молекулярный конструктор" согнуть белок на пролинах должно быть проще, чем в программе 3DS Max. Попробуем?

Кстати, обнаружился ещё один активный центр, состоящий из трёх аминокислотных остатков, к которым может приближаться и His63. Они выделены красным цветом.