Перевести страницу

Пикотехнология вкратце

Многослойные белковые спирали и мезо-механизмы. Типы белковых спиралей.

Skype:

[16.12.2017 3:47:47] Va12220(Valqwa): усечение буду делать завтра к вечеру
[16.12.2017 10:50:33] Кушелев Александр Юрьевич: Замечательно!
[0:50:35] Кушелев Александр Юрьевич: Привет! Что-то  названия файлов не те и на компактной картинке не то в верхней строке.
Имя файла без номера: LJOW01001018P_01.png. А номер нужен.


https://img-fotki.yandex.ru/get/896238/158289418.4b3/0_189610_e6c73bf1_orig.png

[0:51:18] Кушелев Александр Юрьевич: А в первой строке вместо номера название папки. Это не нужно. Нужен номер и идентификатор. Папку тут указывать не нужно.
[1:32:24] Кушелев Александр Юрьевич: А другой gbk-файл обработался вроде лучше. Номера в названиях файлов есть. Но на картинке лишняя информация. Имя папки. Его желательно убрать.
[2:18:49] Кушелев Александр Юрьевич: Этот файл считается с ошибкой. Будем надеяться, что ошибка в NCBI:

https://img-fotki.yandex.ru/get/914565/158289418.4b3/0_189619_c63c4c30_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/914565/ … 0_orig.png

[2:19:30] Кушелев Александр Юрьевич: gbk взят отсюда: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/PI … B75001U015
[2:20:01] Кушелев Александр Юрьевич: Кстати, похоже сегодня удалось сделать крутое научное открытие: http://nanoworld.org.ru/topic/1881/
[2:20:09] Кушелев Александр Юрьевич: Поздравляю! Это наша удача.
[5:27:30] Va12220(Valqwa): сделал усечение. подчистил названия файлов.
проверь на нескольких файлах
[5:28:15] Va12220(Valqwa): 
Кушелев: Кстати, похоже сегодня удалось сделать крутое научное открытие: http://nanoworld.org.ru/topic/1881/
Поздравляю! Это наша удача.
Va12220(Valqwa): забыл на форуме упомянуть меня
[9:29:57] Кушелев Александр Юрьевич: "Сам себя не похвалишь, никто не похвалит". А ты же зарегистрирован на форуме. Давай обсудим нашу удачу. В чём проблема?

https://img-fotki.yandex.ru/get/963786/158289418.4b3/0_189616_f8fa470_XL.png

Развёрнуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/509885/158289418.4b3/0_189618_9027851c_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/509885/ … c_orig.png

Кстати, мне уже попадались аналогичные и даже "более такие же", "более чем" структуры:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896238/158289418.4a6/0_186ba1_52a77613_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/872132/158289418.4a6/0_186ba2_ccc2630e_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/872132/ … e_orig.png

Эта структура вообще может быть Т-конструкцией из двухслойной спирали.

Сначала строится верхняя черта Т из 310-спирали длиной 38 аминокислотных остатков. Затем поверх нее укладывается второй слой (пи-спираль длиной 17 АО), покрывая процентов 20...25 310-спирали. Потом идёт шпилька из 310-спирали длиной 8 АО (примерно 0.21 от "верхней черты"). Далее обратным ходом на шпильку укладывается 19 АО пи-спирали. После этого строится 28 АО альфа-спирали, которая может идти под любым углом, т.е. от нуля до 180 к первоначальной "черте" или к шпильке. Кстати, шпилька тоже может быть расположена под любым углом к "черте". Далее идёт 310-спираль длиной 45 АО и альфа-спираль длиной 53 АО. Последние три участка - это сверхдлинная прямая спираль (28+45+53 АО), которая тоньше в средней части. Наконец, идёт пи-спираль, например, поверх альфа-спрали и какой-то хитрый узел. Всё это может иметь форму рогатки из двухслойной пи-альфа-спирали на всех трех концах. Может быть и сравнительно  низкочастотной резонансной системой, похожий на U-образный музыкальный камертон. С этим интересно было бы разобраться...

***

https://img-fotki.yandex.ru/get/5007/158289418.4a7/0_186bb7_ec7a55f4_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/5007/158289418.4a7/0_186bb8_14486e2d_XL.png
Оригинал: https://img-fotki.yandex.ru/get/5007/15 … d_orig.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/14/

Этот белок тоже может состоять из двухслойных спиралей, но верхний слой может быть образован не фундаментальной, а программной спиралью. У меня и раньше закрадывалось предположение, что программная 35-спираль может идти верхним слоем по отношению даже к пи-спирали, не говоря о более тонких спиралях.

https://img-fotki.yandex.ru/get/370294/158289418.4a7/0_186be0_27d7b96f_XL.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/14/

А этот белок содержит длинные участки 310-альфа-спиралей, пи-спиралей и программных 35-спиралей. Я не удивлюсь, если в его структуре попадётся не только участок двухслойной, но и участок трехслойной альфа-пи-35-спирали.

https://img-fotki.yandex.ru/get/897139/158289418.4a5/0_1863b2_62631aa0_XL.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/12/

Здесь мы тоже видим участок 310-спирали, за ним сразу пи-спираль, а за ним 35-спираль. Это может быть трехслойный участок 310-пи-35-спирали. А может и нет. Надо проверять...

https://img-fotki.yandex.ru/get/368754/158289418.4a8/0_186cc6_95a06491_orig.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/14/

Если это - система противонаправленных альфа- и бета-спиральных участков, образующих гигантскую трубу, то это:

https://img-fotki.yandex.ru/get/896349/158289418.4a5/0_1863ba_ccc834d4_XL.png

Развернуто:

https://img-fotki.yandex.ru/get/373339/158289418.4a5/0_1863bb_2169fd79_XL.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/12/

Может быть либо антинаправленными участками альфа-спиралей и двухслойных 310-пи-спиралей, образующих гигантскую трубу, либо рёберным многогранником, в частности 6-угольной пирамидой, основание которой образовано альфа-спиральными участками, а наклонные ребра - двухслойными 310-пи-спиралями. При этом пирамида может быть лишь одним из крайних состояний некого манипулятора, который может развернуться в 6-конечную "звезду". Это нужно моделировать в 3D. Тогда может появиться определенность и ясность.

https://img-fotki.yandex.ru/get/875526/158289418.4a5/0_18649d_3b97c25e_orig.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1656/page/12/

Это уже скорее всего гигантская труба из противонаправленных альфа-спиральных и двухслойных 310-пи-спиральных участков. Но тоже надо проверять.

https://img-fotki.yandex.ru/get/892702/158289418.4af/0_188379_96ba8f74_orig.png
Подробнее: http://nanoworld.org.ru/topic/1699/page/74/

Эти экзотические структуры могут оказаться очень интересными мезо-механизмами (что-то среднее между большой третичной и малой четвертичной структурой), включающими в себя многослойные спирали.









    Примеры, как выглядят разные типы белковых структур:


    https://img-fotki.yandex.ru/get/880375/158289418.4b4/0_1898d5_75a293_orig.png

    https://img-fotki.yandex.ru/get/9229/158289418.4b4/0_1898d6_7cada9bd_orig.jpg

    Тип структуры может меняться и в одном белке:

    https://img-fotki.yandex.ru/get/879536/158289418.4b4/0_1898d7_593cf61f_orig.png

    https://img-fotki.yandex.ru/get/769660/158289418.4b4/0_1898d8_3d889455_orig.png
    Сильно выраженная кластерная структура белка.





    https://img-fotki.yandex.ru/get/370846/158289418.4b4/0_1898d9_5012e434_orig.png
    Сильно окрашенная структура




    https://img-fotki.yandex.ru/get/752268/158289418.4b4/0_1898da_21b3ac7d_orig.png
    Структура с программными спиралями




    Предельно окрашенные структуры - фундаментальные спирали:

    https://img-fotki.yandex.ru/get/478076/158289418.4b3/0_1896c3_41b780d4_XL.png
    Red (альфа-)





    https://img-fotki.yandex.ru/get/28072/158289418.4b3/0_1896c0_f08a0e84_orig.png
    Green (бета-)






    https://img-fotki.yandex.ru/get/4012/158289418.4b3/0_1896c5_56262004_XL.png
    Blue (пи-)












    https://img-fotki.yandex.ru/get/509292/158289418.4a7/0_186c5c_1ebe5075_XL.png
    Orange (310-)






    https://img-fotki.yandex.ru/get/5007/158289418.4a7/0_186bb7_ec7a55f4_XL.png
    Magenta (Met-)







    https://img-fotki.yandex.ru/get/896238/158289418.4a6/0_186ba1_52a77613_XL.png
    Предельно структурированные








    https://img-fotki.yandex.ru/get/897139/158289418.4a5/0_1863b2_62631aa0_XL.png
    Структурированные функциями Уолша и Кушелева (программно-спиральные, многослойно-спиральные)










    https://img-fotki.yandex.ru/get/875526/158289418.4a5/0_18649d_3b97c25e_orig.png
    Фрактально-спиральные