Композиционный, транспозиционный и пролиновый углы
Определение некодируемых углов с помощью 3D принтера
Набором из 9 вариантов по три угла (композиционный, транспоцизионный и пролиновый) можно описать только часть белковых структур, например, прямой участок альфа-, 310-, пи-, бета-спиралей, произвольную последовательность композиционных (3D) кодов в том случае, если нет ограничений по водородным, вандерваальсовым и гуковским связям. В реальных белках, которые часто содержат программные спирали, такие ограничения есть, поэтому набором из 9 вариантов по 3 угла большинство белковых структур описать не удастся. Без учета физики, т.е. на уровне геометрического алгоритма. Учесть физику трудоёмко, но можно добавить базу данных для программных спиралей, что сильно расширит возможности геометрического алгоритма. И хотя программных спиралей великое множество, но ходовых программных спиралей не так уж много, а редкие программные спирали придётся исследовать с учетом физики. Пока в ручном режиме. Наиболее актуальной является интерактивная 3D-версия, где можно визуально наблюдать за появлением различных ограничений в процессе построения модели белка.
